يمكن وصف حدود المنطقة على أنها مسافة محددة من حافة معلم جغرافي (على سبيل المثال "500 متر من حافة الشعاب المرجانية"). ينتج عن هذا عادةً حدود منطقة غير منتظمة الشكل. قد يبدو تصوير الشعاب المرجانية أو مجموعة من الشعاب المرجانية بهذه الطريقة مناسبًا بيئيًا على الخريطة، لكن استخدام حافة هذه المعالم لرسم حدود المنطقة قد ثبت أنه من الصعب جدًا تفسيره على الماء. على سبيل المثال، العديد من أجزاء الشعاب المرجانية مجزأة أو مغمورة في بعض الأحيان، لذلك من الصعب على الماء تحديد حافة الشعاب المرجانية، ومن ثم استخدام ذلك لتقدير المسافة. علاوة على ذلك، ليس من السهل تقدير 500 متر (أو حتى 100 متر) على الماء. لذلك تم إدخال حدود المناطق القائمة على الإحداثيات، استنادًا إلى خطوط الطول/خطوط العرض والموضحة بالدرجات والدقائق العشرية في خطة تقسيم المناطق في غار حور العين لعام 2003. وتشمل هذه الحدود المعالم البيئية بالكامل (أي خارج حافة الشعاب المرجانية/الجزر بأكملها). يتم توجيه حدود المنطقة شمالًا وجنوبًا وشرقًا وغربًا لسهولة التنقل أو تتألف من خطوط مستقيمة بين إحداثيتين يسهل تحديدهما. وتبدو الخطوط المستقيمة أقل "ملاءمة من الناحية البيئية"، ولكن من الأسهل تحديدها وتطبيقها في المناطق البحرية، خاصة إذا تم استخدام الأجهزة الإلكترونية مثل النظام العالمي لتحديد المواقع أو الراسمة.
وبناءً على التقسيم الحالي للمناطق، من المهم أن يكون لكل منطقة رقم فريد من نوعه يحيل إلى وصف تفصيلي في خطة التقسيم القانونية (انظر الموارد) مع معرف منطقة فريد (على سبيل المثال MNP-11-031): أ) يشير الرقمان الأول والثاني إلى نوع المنطقة (منطقة المنتزه الوطني البحري) ب) يشير الرقمان الأولان إلى خط العرض (المثال الموضح أعلاه هو على خط عرض 11 درجة) ج) يتيح الرقم الأخير (031) تحديد منطقة معينة على خرائط التقسيم والإحالة المرجعية إلى خطة التقسيم.