Zonegrenzen kunnen worden beschreven als een bepaalde afstand vanaf de rand van een geografisch kenmerk (bijv. '500 m vanaf de rand van het rif'). Dit resulteert gewoonlijk in een onregelmatig gevormde zonegrens. Het op deze manier weergeven van een rif of een groep riffen kan er ecologisch gezien goed uitzien op een kaart, maar het gebruik van de rand van dergelijke kenmerken om zonegrenzen te trekken is op het water erg moeilijk te interpreteren gebleken. Veel rifdelen zijn bijvoorbeeld gefragmenteerd of liggen soms onder water, waardoor het op het water moeilijk is om de rand van het rif te bepalen en op basis daarvan een afstand in te schatten. Bovendien is het niet eenvoudig om 500 m (of zelfs 100 m) op het water te schatten. Coördinaatgebaseerde zonegrenzen, gebaseerd op lengtegraad/breedtegraad en weergegeven in graden en decimale minuten, werden daarom geïntroduceerd in het GBR zoneringsplan van 2003. Deze omvatten volledig ecologische kenmerken (d.w.z. ruim buiten de rand van hele riffen/eilanden). De zonegrenzen zijn naar het noorden, zuiden, oosten en westen georiënteerd voor navigatiegemak of bestaan uit rechte lijnen tussen twee gemakkelijk te bepalen coördinaten. Rechte lijnen lijken minder 'ecologisch gepast', maar ze zijn gemakkelijker te lokaliseren en te handhaven in offshore-gebieden, vooral als er gebruik wordt gemaakt van elektronische apparatuur zoals een global positioning system GPS of plotter.
Voortbouwend op de bestaande zonering is het belangrijk dat elke zone een uniek nummer heeft, dat verwijst naar een gedetailleerde beschrijving in het wettelijk voorgeschreven bestemmingsplan (zie Bronnen) en met een unieke zone-identificatie (bijv. MNP-11-031): a) MNP verwijst naar het zonetype (Marine National Park Zone) b) de eerste twee cijfers verwijzen naar de breedtegraad (het voorbeeld hierboven ligt op breedtegraad 11°) c) het laatste cijfer (031) maakt het mogelijk een specifieke zone te identificeren op de zoneringskaarten en te verwijzen naar het bestemmingsplan.