Os limites da zona podem ser descritos como uma distância específica da borda de uma característica geográfica (por exemplo, "500 m da borda do recife"). Isso normalmente resulta em um limite de zona com formato irregular. A representação de um recife ou de um grupo de recifes dessa forma pode parecer ecologicamente apropriada em um mapa, mas o uso da borda de tais características para desenhar os limites da zona tem se mostrado muito difícil de interpretar na água. Por exemplo, muitas partes do recife estão fragmentadas ou, às vezes, submersas, portanto, é difícil determinar a borda do recife na água e usá-la para estimar a distância. Além disso, não é fácil estimar 500 m (ou mesmo 100 m) na água. Portanto, os limites da zona baseados em coordenadas, baseados em longitude/latitude e mostrados em graus e minutos decimais, foram introduzidos no Plano de Zoneamento da GBR de 2003. Esses limites abrangem totalmente as características ecológicas (ou seja, bem fora da borda de recifes/ilhas inteiras). Os limites das zonas são orientados para o norte, sul, leste e oeste para facilitar a navegação ou compreendem linhas retas entre duas coordenadas facilmente determinadas. As linhas retas parecem menos "ecologicamente apropriadas", mas são mais fáceis de localizar e aplicar em áreas offshore, especialmente se forem usados dispositivos eletrônicos, por exemplo, sistema de posicionamento global GPS ou plotter.