Die Zonengrenzen können in einer bestimmten Entfernung vom Rand eines geografischen Merkmals beschrieben werden (z. B. "500 m von der Riffkante"). Dies führt normalerweise zu einer unregelmäßig geformten Zonengrenze. Die Darstellung eines Riffs oder einer Gruppe von Riffen auf diese Weise mag auf einer Karte ökologisch sinnvoll erscheinen, aber die Verwendung der Kante solcher Merkmale zum Zeichnen von Zonengrenzen hat sich auf dem Wasser als sehr schwierig erwiesen. So sind beispielsweise viele Riffteile fragmentiert oder teilweise unter Wasser, so dass es auf dem Wasser schwierig ist, die Riffkante zu bestimmen und auf dieser Grundlage eine Entfernungsschätzung vorzunehmen. Außerdem ist es nicht einfach, 500 m (oder sogar 100 m) auf dem Wasser zu schätzen. Daher wurden im GBR-Zonenplan von 2003 koordinatenbasierte Zonengrenzen eingeführt, die auf Längen- und Breitengraden basieren und in Grad und Dezimalminuten angegeben werden. Diese umfassen die ökologischen Merkmale vollständig (d. h. weit über die Ränder ganzer Riffe/Inseln hinaus). Die Zonengrenzen sind der Einfachheit halber nach Norden, Süden, Osten und Westen ausgerichtet oder bestehen aus geraden Linien zwischen zwei leicht zu bestimmenden Koordinaten. Gerade Linien sehen weniger "ökologisch sinnvoll" aus, sind aber in küstennahen Gebieten leichter zu lokalisieren und durchzusetzen, insbesondere wenn elektronische Geräte wie GPS oder Plotter verwendet werden.