Air di hutan bakau perlu disegarkan dan memiliki kualitas yang baik (salinitas, oksigen terlarut, pH) agar bakau dan organisme yang menjadi bagian dari habitat bakau dapat tumbuh subur, seperti ikan, spons, anemon, dan tiram bakau. Kekuatan di balik sirkulasi air adalah aliran pasang surut; tidak ada sungai yang mengaliri bakau. Air bergerak melalui akar sebagai aliran lembaran, saluran dan laguna. Pertumbuhan akar dan akumulasi sedimen mengurangi kapasitas sistem untuk membawa air secara tepat waktu ke seluruh bagian hutan bakau - terutama bagian terjauh dari lautan terbuka yang paling banyak mengalami tekanan.