El agua de los manglares necesita refrescarse y ser de buena calidad (salinidad, oxígeno disuelto, pH) para que prosperen los manglares y los organismos que forman parte de su hábitat, como peces, esponjas, anémonas y ostras de manglar. La fuerza que impulsa la circulación del agua es el flujo de las mareas; no hay ningún río que alimente los manglares. El agua circula a través de las raíces en forma de flujo laminar, los canales y las lagunas. El crecimiento de las raíces y la acumulación de sedimentos reducen la capacidad del sistema para llevar agua en el momento oportuno a todas las partes del bosque de manglares - especialmente la parte más alejada del océano abierto es la más sometida a estrés.