يجب أن تكون المياه في غابة المانغروف منتعشة وذات نوعية جيدة (الملوحة والأكسجين المذاب ودرجة الحموضة) لكي تزدهر أشجار المانغروف والكائنات الحية التي تشكل جزءاً من موطن المانغروف، مثل الأسماك والإسفنج وشقائق النعمان ومحار المانغروف. القوة الكامنة وراء دوران المياه هي تدفق المد والجزر؛ فلا يوجد نهر يغذي أشجار المانغروف. وتتحرك المياه عبر الجذور كتدفق صفائحي والقنوات والبحيرات. ويقلل نمو الجذور وتراكم الرواسب من قدرة النظام على جلب المياه في الوقت المناسب إلى جميع أجزاء غابة المانغروف - خاصة الجزء الأبعد عن المحيط المفتوح الذي يتعرض للإجهاد أكثر من غيره.