De oprichting van het Inheems Reservaat en Nationaal Park Yaigojé Apaporis betekende het begin van een nieuw relatiemodel tussen inheemse volken en de Colombiaanse overheid. Er moest gezocht worden naar mechanismen om het bestuur en het integrale behoud van hun leefsystemen te garanderen, zonder in te grijpen in hun rechten op territoriale autonomie en het culturele beheer dat ze van oudsher voeren. Toen het park eenmaal was opgericht, werd het proces van het formuleren van het Speciale Beheerregime (REM) in gang gezet. Dit regime was het instrument waarmee het gezamenlijke beheer van het park werd gedeeld door de Colombiaanse Nationale Natuurparken (PNNC) en de Vereniging van Inheemse Kapiteins van de Yaigojé Apaporis (ACIYA). Het opzetten van het REM vereiste een interne (of endogene) onderzoeksmethodologie, voorgesteld door de inheemse gemeenschappen en ondersteund door de ervaring van de Stichting GAIA Amazonas. Deze methodologie was gebaseerd op de richtlijnen van een inheems congres in het Amazonegebied dat de onderwerpen identificeerde die in elk van de gemeenschappen moesten worden verzameld om het ontwerp van de REM te sturen. Deze aanpak hielp de deelname van inheemse gemeenschappen met drie vertegenwoordigers en een sjamaan te bevorderen.