La creazione della Riserva Indigena e del Parco Nazionale Naturale Yaigojé Apaporis ha segnato l'inizio di un nuovo modello di relazione tra le popolazioni indigene e il governo colombiano. Era necessario cercare meccanismi che garantissero il governo e la conservazione integrale dei loro sistemi di vita, senza interferire con i loro diritti all'autonomia territoriale e alla gestione culturale che hanno tradizionalmente portato avanti. Una volta creato il parco, è stato avviato il processo di formulazione del suo Regime di Gestione Speciale (REM). Questo regime è stato lo strumento attraverso il quale l'amministrazione congiunta del parco è stata condivisa dai Parchi Nazionali Naturali Colombiani (PNNC) e dall'Associazione dei Capitani Indigeni Yaigojé Apaporis (ACIYA). La creazione del REM ha richiesto una metodologia di ricerca interna (o endogena), proposta dalle comunità indigene e sostenuta dall'esperienza della Fondazione GAIA Amazonas. Questa metodologia si è basata sulle linee guida emesse da un Congresso indigeno dell'Amazzonia che ha identificato i temi da raccogliere in ciascuna comunità, al fine di guidare la progettazione della REM. Questo approccio ha contribuito a promuovere la partecipazione delle comunità indigene con tre rappresentanti e uno sciamano.