Yaigojé Apaporis 土著保护区和国家自然公园的建立标志着土著人民与哥伦比亚政府之 间新关系模式的开始。有必要寻求一些机制，以确保对其生活系统的治理和整体保护，同时又不干涉其领土自治权和传统的文化管理权。公园一经建立，其特别管理制度（REM）的制定过程就开始了。哥伦比亚国家自然公园（PNNC）和雅伊戈耶-阿帕波利斯土著船长协会（ACIYA）通过该制度共同管理该公园。建立 REM 需要一种内部（或内生）研究方法，由土著社区提出，并得到 GAIA Amazonas 基金会经验的支持。该方法以亚马逊土著大会发布的指导方针为基础，确定了在每个社区收集的主题，以指导 REM 的设计。这种方法有助于促进有三名代表和一名巫师的土著社区的参与。