ヤイゴヘ・アパポリス先住民保護区と自然国立公園の設立は、先住民族とコロンビア政府との新しい関係モデルの幕開けとなった。彼らの領土自治権や、彼らが伝統的に行ってきた文化的管理の権利を妨げることなく、彼らの生活システムの統治と統合的な保全を確保するためのメカニズムを模索する必要があった。公園が創設されると、その特別管理体制（REM）の策定プロセスが開始された。この制度は、コロンビアの自然国立公園（PNNC）とヤイゴヘ・アパポリス先住民隊長協会（ACIYA）が公園の共同管理を分担するための手段であった。REMの設立には、先住民コミュニティが提案し、GAIAアマゾナス財団の経験に支えられた、内部（あるいは内発的）調査手法が必要であった。この方法論は、アマゾンの先住民会議が発表したガイドラインに基づくもので、REMの設計を導くために、各コミュニティで収集すべきトピックを特定した。このアプローチは、3人の代表者とシャーマンを擁する先住民コミュニティの参加を促進するのに役立った。