De MPA in Joal-Fadiouth werd opgericht op 4 november 2004. Het idee voor het behoud van de mariene hulpbronnen, en dus de oprichting van de MPA, kwam rechtstreeks van de lokale vissersgemeenschap. Samen met de vissersgemeenschap wordt de MPA mede beheerd door het Directorate of Community-Based Marine Protected Areas (DAMCP), dat werd opgericht om de nationale strategieën van Senegal voor blauwe groei en behoud van biodiversiteit te ondersteunen.
In 2006 werd een beheercomité opgericht waarin alle relevante groepen belanghebbenden vertegenwoordigd zijn die direct of indirect invloed ondervinden van of betrokken zijn bij de MPA, zoals vissers, visverwerkende vrouwen, toeristische professionals of de politie. In totaal maken 18 vertegenwoordigers deel uit van het beheercomité.
Het bestaan van een goed functionerend beheerscomité speelde een essentiële rol in de ontwikkeling van het project. De leden van de MPA wilden niet alleen gastheer zijn van een bijkomend project dat door een NGO van buitenaf gepiloteerd werd. Ze wilden het in kaart brengen zelf uitvoeren, om tegemoet te komen aan hun beheersbehoeften. Daarom was hun eerste uitdaging om voldoende technische expertise te krijgen om de activiteiten uit te voeren. Het project begon met activiteiten voor capaciteitsopbouw, ondersteund door de FIBA Foundation voor technische en financiële aspecten, en door het Regionale Netwerk van MPA's (RAMPAO) voor het ontwerpen van de kartering.