La AMP de Joal-Fadiouth se creó el 4 de noviembre de 2004. La idea de la conservación de los recursos marinos, y por tanto la creación de la AMP, surgió directamente de la comunidad local de pescadores. La Dirección de Áreas Marinas Protegidas de Base Comunitaria (DAMCP), creada para apoyar las estrategias nacionales de crecimiento azul y conservación de la biodiversidad de Senegal, cogestiona el AMP junto con la comunidad de pescadores.
En 2006 se creó un Comité de Gestión en el que están representados todos los grupos de interesados directa o indirectamente afectados por el AMP o relacionados con ella, como pescadores, pescadoras, profesionales del turismo o la policía. En total, 18 representantes forman parte del Comité de Gestión.
La existencia de un comité de gestión que funcionara correctamente desempeñó un papel esencial en el desarrollo del proyecto. Los miembros de la AMP no querían limitarse a ser los anfitriones de un proyecto adicional, pilotado por una ONG externa, sino que querían realizar ellos mismos la cartografía para responder a sus necesidades de gestión. Por ello, su primer reto ha sido conseguir los conocimientos técnicos suficientes para llevar a cabo las actividades. El proyecto se inició con actividades de capacitación, apoyadas por la Fundación FIBA para los aspectos técnicos y financieros, y por la Red Regional de AMP (RAMPAO) para el diseño del ejercicio de cartografía.