L'AMP di Joal-Fadiouth è stata istituita il 4 novembre 2004. L'idea di conservare le risorse marine, e quindi di istituire l'AMP, è nata direttamente dalla comunità di pescatori locali. Insieme alla comunità di pescatori, l'AMP è cogestita dalla Direzione delle Aree Marine Protette su base comunitaria (DAMCP), creata per sostenere le strategie nazionali di crescita blu e di conservazione della biodiversità del Senegal.
Nel 2006 è stato istituito un Comitato di gestione che rappresenta tutti i gruppi di parti interessate che hanno un impatto diretto o indiretto sull'AMP o che vi sono coinvolte, tra cui i pescatori, le donne che lavorano il pesce, i professionisti del turismo e la polizia. In totale, 18 rappresentanti fanno parte del Comitato di gestione.
L'esistenza di un comitato di gestione ben funzionante ha svolto un ruolo essenziale nello sviluppo del progetto. I membri dell'AMP non volevano essere solo gli ospiti di un progetto aggiuntivo, pilotato da una ONG esterna, ma volevano implementare la mappatura da soli, per rispondere alle loro esigenze di gestione. Pertanto, la prima sfida è stata quella di ottenere competenze tecniche sufficienti per portare a termine le attività. Il progetto è iniziato con attività di capacity building, sostenute dalla Fondazione FIBA per gli aspetti tecnici e finanziari e dalla Rete regionale delle AMP (RAMPAO) per la progettazione dell'esercizio di mappatura.