A criação de um fundo permanente para cobrir despesas de gestão em áreas protegidas ajudou as administrações gerenciadas pelo governo a ter um orçamento anual para cobrir suas principais atividades operacionais, como é o caso da Reserva de Vida Silvestre Cuyabeno.
Esse fundo é oficialmente conhecido como Fundo de Áreas Protegidas (PAF) e foi estabelecido como parte de uma iniciativa de 1999, realizada pelo Ministério do Meio Ambiente do Equador e pelo Fundo Nacional do Meio Ambiente, e também contou com o apoio de organizações internacionais. O principal objetivo era diversificar as fontes de financiamento para áreas protegidas patrocinadas pelo poder público e garantir recursos financeiros a longo prazo.
O Fundo Nacional do Meio Ambiente, criado em 1996, serviu como o principal precedente para o PAF. Ele foi considerado "um mecanismo financeiro independente disponível para apoiar planos, programas, projetos e qualquer atividade que vise à proteção, preservação e melhoria do meio ambiente e dos recursos naturais". Esse fundo, criado como uma organização privada, administrava e canalizava recursos financeiros, fornecia consultoria técnica, mas não participava da implementação direta de nenhuma iniciativa.
- Políticas nacionais estabelecidas para apoiar a criação de um Fundo Nacional do Meio Ambiente, projetado para proporcionar estabilidade orçamentária ao Sistema Nacional de Áreas Protegidas do Equador.
- Apoio financeiro constante de agências de cooperação nacionais e internacionais para criar um fundo fiduciário destinado a cobrir os custos operacionais e de gerenciamento das Áreas Protegidas Governamentais, incluindo a Reserva de Vida Selvagem de Cuyabeno.
O projeto e a implementação do PAF foram o resultado de um processo de negociação entre o governo equatoriano, a sociedade civil e as agências internacionais.
Seu principal objetivo é fornecer apoio e estabilidade financeira ao Sistema Nacional de Áreas Protegidas do Equador, contribuindo assim para a conservação in situ da biodiversidade equatoriana. O PAF está sendo destinado ao cofinanciamento de despesas operacionais básicas e ao fornecimento de suporte técnico.
Após uma interrupção de um ano em 2015, o PAF está trabalhando atualmente com 30 Áreas Protegidas Governamentais, incluindo a Reserva Selvagem Cuyabeno, que tem um orçamento anual de US$ 56.000 alocado. Embora o FAP não seja o único mecanismo financeiro da Reserva, o orçamento anual coberto por ele apoia as principais atividades operacionais da Área, que estão alinhadas com as metas estratégicas e os resultados propostos no plano operacional anual.