وقد ساعد إنشاء صندوق دائم لتغطية نفقات الإدارة في المناطق المحمية، الإدارات التي تديرها الحكومة في الحصول على ميزانية سنوية لتغطية أنشطتها التشغيلية الرئيسية، كما هو الحال في محمية كويابينو للحياة البرية.

يُعرف هذا الصندوق رسميًا باسم صندوق المناطق المحمية (PAF)، وقد أنشئ كجزء من مبادرة قامت بها وزارة البيئة الإكوادورية والصندوق الوطني للبيئة عام 1999، كما حظيت المبادرة بدعم من المنظمات الدولية. وكان الهدف الرئيسي منها هو تنويع المصادر المالية للمناطق المحمية التي يرعاها القطاع العام وضمان موارد مالية على المدى الطويل.

وكان الصندوق الوطني للبيئة الذي أنشئ في عام 1996 بمثابة السابقة الرئيسية لصندوق البيئة الوطني. وقد اعتُبر "آلية مالية مستقلة متاحة لدعم الخطط والبرامج والمشاريع وأي نشاط يسعى إلى حماية البيئة والموارد الطبيعية والحفاظ عليها وتحسينها". قام هذا الصندوق، الذي أنشئ كمنظمة خاصة، بإدارة وتوجيه الموارد المالية، وتقديم المشورة الفنية، ولكنه لم يشارك في التنفيذ المباشر لأي مبادرة.