Para la creación y desarrollo de los PAMIC, diversas instancias de gobierno pertenecientes al sector ambiental unieron esfuerzos y diseñaron un proyecto muy vanguardista e innovador que surge de la sincronía de tres instituciones de gobierno federal y de un fondo privado. El INECC coordina la construcción de los planes (PAMIC); la CONANP consolida la gestión y operación en ANPs, y la CONAFOR implementa el esquema de Pago por Servicios Ambientales (PSA) del fondo de biodiversidad. Por su parte, el FMCN contribuye con su experiencia en el manejo de esquemas de financiamiento; mediante dichos arreglos interinstitucionales, se formaron dos fondos más para detonar efectos. Además, el diseño de gobernanza y coordinación interinstitucional incluye un Comité Técnico del Proyecto que supervisa y dirige la operación del C6; una Unidad Coordinadora del Proyecto y dos Unidades Regionales de Proyecto, las cuales tienen la responsabilidad de la coordinación diaria en temas técnicos y logísticos. Este diseño de coordinación interinstitucional es parte esencial para generar mayores alcances en el ordenamiento del territorio buscando impactos colectivos.
- Trabajo muy coordinado entre las instituciones con una visión clara sobre el uso de los instrumentos de financiamiento y gestión;
- Interés de las instituciones por participar y contribuir con su experiencia y el apoyo que ellas brindan a través de sus programas de asistencia social, de subsidios, dirigidos a ciertos lugares;
- Recursos financieros e institucionales suficientes.
Los esfuerzos de coordinación interinstitucional se vieron beneficiados por la creación de un esquema de gobernanza policéntrica, entre niveles y actores.Dicho esquema, respaldado por acuerdos formales entre las instituciones participantes, ha establecido de manera transparente las “reglas del juego” para todos los demás actores involucrados en el proyecto a nivel regional y local.Este aspecto de formalidad institucional ha derivado, en la práctica, en un instrumento de planeación muy dinámico que fortalece la toma de decisiones y que ayuda a cada actor, desde el nivel en donde está trabajando, a aprovechar los diversos elementos de planeación y de manejo del territorio. Así también, se ha visto que incrementa la confianza de las instituciones en los procesos territoriales a escala local. Por ejemplo, al mejorar las decisiones de las instancias gubernamentales para aterrizar recursos de sus programas. CONAFOR inició ya este camino incluyendo en sus criterios de prelación,favoreciendo a aquellas zonas que cuentan un PAMIC. Este criterio es tener capital para esquemas de conservación.