Con la creación del Parque Nacional Natural - Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis nació una nueva forma de relacionamiento entre pueblos indígenas y Estado colombiano. Fue necesario buscar mecanismos para asegurar la gobernabilidad y la conservación integral de sus sistemas de vida, sin interferir los derechos de dichos pueblos a su autonomía territorial ni al manejo cultural que tradicionalmente han efectuado. Una vez creado el Parque, se inició el proceso de formulación de su Régimen Especial de Manejo (REM), por medio del cual se genera la administración conjunta entre Parque Nacionales Naturales de Colombia (PNNC) y la Asociación de Capitanes Indígenas de Yaigojé Apaporis (ACIYA). Para establecer el REM, se requirió una metodología de investigación propia o endógena, propuesta por los mismos pueblos indígenas, y apoyada por la experiencia de la Fundación GAIA Amazonas. Esta metodología se basó en lineamientos emitidos en un Congreso Indígena amazónico, donde se identificaron todos los temas que serían recopilados en cada uno de los pueblos indígenas, para guiar la elaboración del REM. De este modo se promovió la participación de las comunidades con tres representantes indígenas y un shamán.