Con la creación del Parque Nacional Natural - Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis nació una nueva forma de relacionamiento entre pueblos indígenas y Estado colombiano. Fue necesario buscar mecanismos para asegurar la gobernabilidad y la conservación integral de sus sistemas de vida, sin interferir los derechos de dichos pueblos a su autonomía territorial ni al manejo cultural que tradicionalmente han efectuado. Una vez creado el Parque, se inició el proceso de formulación de su Régimen Especial de Manejo (REM), por medio del cual se genera la administración conjunta entre Parque Nacionales Naturales de Colombia (PNNC) y la Asociación de Capitanes Indígenas de Yaigojé Apaporis (ACIYA). Para establecer el REM, se requirió una metodología de investigación propia o endógena, propuesta por los mismos pueblos indígenas, y apoyada por la experiencia de la Fundación GAIA Amazonas. Esta metodología se basó en lineamientos emitidos en un Congreso Indígena amazónico, donde se identificaron todos los temas que serían recopilados en cada uno de los pueblos indígenas, para guiar la elaboración del REM. De este modo se promovió la participación de las comunidades con tres representantes indígenas y un shamán.

En 1988 se creó el Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis por solicitud de los pueblos indígenas Tanimuca, Yucana, Letuama, Matapí, Cabayari, Macuna, Barazano y Yujup-Macú. Posteriormente, en el 2008, mediante consenso en asamblea extraordinaria de las Autoridades Tradicionales y los Capitanes Indígenas (ATCI), estos pueblos decidieron solicitar la creación de un Parque Nacional superpuesto con los límites del Resguardo Indígena, considerando que esto eliminaría el desarrollo de actividades mineras y de explotación que pusieran en riesgo la biodiversidad y sus sitios sagrados, y por lo tanto, sus usos y costumbres, composición social y entorno ambiental.

La creación del Parque Nacional Natural – Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis tiene un largo proceso de trabajo con la Fundación GAIA Amazonas, la cual contó con el apoyo técnico y  financiero de la Fundación Gordon y Betty Moore. La decisión de pasar a un Régimen Especial de Manejo (REM) debía tener pleno respaldo local, asegurar la autonomía de los pueblos indígenas y fortalecer sus sistemas tradicionales; además, era necesario que los pueblos indígenas cuenten con facultades de negociación y coordinación para poder establecer acuerdo con el Estado.

La conservación participativa es un principio por el cual parte la estrategia de protección y conservación que se aplica en el PNCAZ, pues uno de los retos es cumplir con un efectivo control y vigilancia del AP, con sólo 45 guardaparques, para una extensión de más de 1.35 millones de hectáreas, y con un perímetro de casi 1.000 km. Por ello fue necesario generar una estrategia de participación para su conservación, con guardaparques comunales, de modo que se incorporen a las estrategias de Control y Vigilancia,  en el marco del Plan Maestro del Parque, los frentes de defensa de las poblaciones, rondas campesinas, e incluso las propias autoridades locales. Todos ellos han adquirido un compromiso por ayudar en la conservación y protección del parque, o en definir y planificar los asentamientos de las poblaciones para impedir su avance, y el cambio de uso del suelo.

El manejo de un área protegida de más de 1.35 millones de hectáreas y la alta actividad humana en su zona de amortiguamiento (2.3 millones de hectáreas), han demandado la generación de herramientas de gestión innovadoras, enfocadas en la participación social. Es así que CIMA implementa un Modelo de Intervención conocido como FOCAL, el cual se está incorporando en otras AP del país, y que cuenta con herramientas como:

• Mapeo de Usos y Fortalezas(MUF): Reúne información socioeconómica de comunidades y centros poblados, sus necesidades y percepciones en cuanto al área, y uso de recursos naturales, para identificar organizaciones locales con las cuales se debe establecer alianzas para implementar acciones de conservación.
• Zonificación Participativa Comunal (ZPC): Guía el proceso de desarrollo de una zonificación ecológica económica a nivel nivel comunal para lograr la concertación de la población respecto a la utilización sostenible de su territorio y sus recursos naturales.
• Normas de Convivencia: Permiten alcanzar acuerdos a nivel del centro poblado o comunidad, definen códigos de comportamiento, y brindan estabilidad al proceso de planificación o a los Planes de Calidad de Vida que se elaboren posteriormente.

Si bien el PNCA contó con apoyo financiero durante el período 2008-2013, estas fuentes no son consideradas sostenibles a largo plazo, por lo que CIMA viene buscando mecanismos para mejorar la sostenibilidad financiera del parque. Uno de ellos fue diseñar el proyecto REDD+ Cordillera Azul, dentro del cual CIMA y The Field Museum of Chicago (como socio estratégico) desarrollaron un documento técnico para comprobar de qué manera el PNCAZ ha evitado la emisión de más de 1,6 millones de toneladas de CO2 al año por deforestación, y casi 13 millones de toneladas de CO2 durante el periodo 2008-2015. Por esto llegó a considerarse un megaproyecto REDD+, validado por estándares internacionales, como el Voluntary Carbon Standard (VCS), y el Climate, Community and Biodiversity Standards (CCB), los cuales buscan dar legitimidad y credibilidad, ante los mercados voluntarios, por medio de certificados de reducción de emisiones de gases de efecto invernadero no emitidos. Gracias a estos certificados, el proyecto pudo obtener su registro en Markit, una herramienta para administrar internacionalmente los créditos globales de carbono, lo que dio paso a que CIMA trabaje en procesos de negociación de créditos de carbono en el ámbito internacional.

El marco regulatorio de las áreas protegidas en Perú propicia un enfoque de co-gestión y trabajo participativo, y permite la suscripción de Contratos de Administración entre el Estado peruano y organizaciones privadas sin fines de lucro, como un mecanismo efectivo de apoyo a la gestión. En este contexto, el Parque Nacional Cordillera Azul (PNCA) tuvo, desde su creación, el apoyo técnico de la ONG Centro de Conservación, Investigación y Manejo de Áreas Naturales – Cordillera Azul (CIMA – Cordillera Azul). Años más tarde, en el 2008, el Estado firmó con CIMA un contrato de administración total de operaciones del Parque por un período de 20 años. En este marco se suscribió un Acuerdo de Desarrollo Global (GDA) entre la Agencia de los Estado Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID), la Fundación Moore, la Fundación MacArthur, The Field Museum of Chicago y CIMA, para conjugar esfuerzos hacia la conservación del PNCAZ y contar con apoyo financiero durante el período 2008-2013. Esto permitió establecer una visión a largo plazo para la gestión adaptativa del PNCAZ, implementar un modelo de gestión participativa, y alcanzar mayor sostenibilidad financiera a través del apalancamiento de fondos para el PNCAZ.

La Ley del Sistema Nacional de Unidades de Conservación, publicada en julio del 2000, estableció el Enfoque de Mosaicos de Conservación. Los mosaicos son “un conjunto de Unidades de Conservación (UC) de categorías diferentes o no, próximos, yuxtapuestas o superpuestas, y otras AP, públicas o privadas”, cuya gestión debe realizarse de manera integrada, de acuerdo a los objetivos de cada UC.

Ante el desafío de manejar los conflictos socio-ambientales y optimizar los recursos humanos, financieros y materiales, el 2010 se estableció el Mosaico de Conservación Bajo Río Negro, con una superficie de 7.329.220 hectáreas, conformado por 11 UC, entre ellas el PN de Jaú y la RESEX del Río Unini.

La implementación de este enfoque prioriza los procesos de conservación en porciones mayores de territorio, lo que permite la gestión integral de paisajes localizados a lo largo de los ríos Jaú y Unini, al norte, y el Bajo Negro al sur del mosaico. Al ver a las AP como partes de un todo, funcionales y conectadas entre sí, fue necesario incorporar en el diseño de los planes de manejo una metodología participativa, que promoviera el involucramiento de múltiples actores en la toma de decisiones para el manejo del territorio y sus recursos naturales.

El PN de Jaú representa una de las mayores extensiones de bosque húmedo tropical protegidas en el mundo, que protege gran parte de una cuenca hidrográfica de aguas negras. Por su importancia, esta AP fue priorizada por el Programa de Áreas Protegidas de la Amazonía (ARPA), un programa gubernamental de Brasil, creado en el año 2002, liderado por el Ministerio de Medio Ambiente, y gestionado por el Fondo Brasileño para la Biodiversidad (Funbio).

El programa ARPA cuenta con el financiamiento del Fondo Mundial para el Medio Ambiente (GEF), el gobierno alemán, el Fondo Mundial para la Vida Silvestre (WWF), el Fondo Amazonía, a través del Banco Nacional de Desarrollo Económico y Social de Brasil (BNDES), la Fundación Moore y, actualmente, empresas privadas que son donantes del programa. Tiene una vigencia de 13 años, y su objetivo es expandir y fortalecer el Sistema Nacional de Áreas Protegidas de la Amazonía en Brasil, mediante la protección de 60 millones de hectáreas de Unidades de Conservación en el bioma Amazónico; y asegurar la sostenibilidad de su gestión a corto y largo plazo. Se implementa en tres fases independiente y continuas. La primera entre 2003 y 2010, la segunda entre 2010 y 2015, y la tercera, con un plazo de 25 años.

A lo largo del proceso de creación de la Reserva Extractivista (RESEX) del río Unini, y en el marco del contrato de co-gestión del PN de Jaú, la Fundación Vitoria Amazónica (FVA) implementó metodologías innovadoras participativas de mapeo de uso de recursos naturales (RRNN) y ha venido invirtiendo en un proceso de fortalecimiento organizacional y de capacidades locales para el uso sostenible de los RRNN. Es de destacar  el desarrollo e implementación de una metodología para el monitoreo de uso de RRNN (SIMUR) en el río Unini. Esto sirvió de insumo para un proceso que se dio en el año 2008, posterior a la creación de la RESEX del río Unini, con el desarrollo e implementación de “Términos de Compromiso” con las comunidades del río Unini. Estos documentos representan acuerdos entre las 6 comunidades del PN de Jaú que viven en el río Unini y el Gobierno brasilero, con los objetivos de regularizar su permanencia dentro del Parque, y establecer un proceso de co-manejo entre la población local y la administración del Parque. Es así que la participación comunitaria en los procesos de toma de decisiones en las dos unidades de conservación (PN de Jaú y la RESEX del río Unini) fue y es fundamental para la gestión eficiente de ambas áreas.

En el año 1979, el área donde se ubica el Parque Nacional de Jaú fue propuesta como Reserva Biológica; una categoría de manejo restrictiva respecto a la explotación de recursos naturales (RRNN) en Brasil. Posteriormente, en el año 1980 se crea el PN de Jaú, y desde entonces tiene el reto de manejar la alta conflictividad socio-ambiental de la zona.

La Fundación Vitoria Amazónica (FVA), con presencia en el área desde 1991, aplicó metodologías innovadoras participativas de mapeo de uso de RRNN, lo que apoyó el desarrollo de su Plan de Manejo y zonificación, entre 1996 y 1998, en el marco de un contrato de co-gestión del Parque con el Gobierno Federal de Brasil. Años más tarde, se crea en Brasil el Sistema Nacional de Unidades de Conservación (SNUC), y se desarrollan herramientas para la construcción de procesos participativos. Es así que la FVA, como institución de colaboración técnica del Instituto Brasilero de Medio Ambiente y Recursos Naturales Renovables (IBAMA), apoyó a las comunidades locales en la creación de la Reserva Extractivista (RESEX) del río Unini, en un proceso que continuó hasta el año 2006, para garantizar el acceso a recursos naturales y tenencia del territorio por parte de las poblaciones del río Jaú y Unini.