La alta diversidad cultural y biológica de la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, entre  ellas la presencia de un complejo lacustre inundable, atrae a miles de turistas nacionales y extranjeros cada año; sobretodo desde que el Gobierno promulgó el Decreto de Gratuidad para el ingreso a las áreas protegidas, a inicios del año 2012.

La inversión del Estado, acompañada de inversión privada y de cooperación internacional han servido para mejorar la planificación turística y la infraestructura de uso público en el Cuyabeno, de modo que se puede brindar un mejor servicio a los visitantes. Igualmente, esfuerzos relacionados entre el Ministerio del Ambiente y el Ministerio de Turismo, para regularizar y normar las actividades turísticas en áreas protegidas, así como acreditar a las operadoras de turismo, han permitido enfocar acciones para que se lleve a cabo buenas prácticas turísticas sostenibles.  A esto se suman los esfuerzos por propiciar la integración de comunidades en actividades de turismo sostenible. Todo esto ha promovido, en los últimos 15 años, un trabajo enfocado en el diseño e implementación de estándares para la gestión del turismo sostenible y generación de ingresos económicos para las comunidades locales.

En el año 2008 el Estado Ecuatoriano creó el Programa Socio Bosque (PSB), como un mecanismo de incentivos económicos dirigido a propietarios privados, campesinos y comunidades indígenas  que se comprometen voluntariamente a la conservación y protección de bosques y otros ecosistemas nativos.

En la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, gracias a los avances con respecto a los Convenios de Uso y Manejo de Recursos Naturales, firmados con las comunidades indígenas dentro del área, que permitieron delimitar sus territorios; y  a la entrega de escrituras individuales en la zona de influencia de la misma, las comunidades pudieron obtener sus títulos de propiedad, lo que es un para participar en el PSB. Es así que actualmente, en la Reserva existen alrededor de 86.000 ha que forman parte del PSB, lo que ha contribuido a la conservación de los relictos de bosque en su zona alta, así como de amplias áreas de bosques en su zona baja. Al mismo tiempo, se ha generado incentivos económicos para la implementación de proyectos productivos por parte de comunidades y propietarios individuales, asegurando la conservación del bosque. Esto ha sido clave para prevenir el riesgo de avance de la frontera agrícola  hacia el interior de la Reserva.

El desarrollo de un fondo permanente para cubrir costos de manejo de las áreas protegidas,   ha permitido a ciertas áreas protegidas estatales, como la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, contar con fondos anuales para sustentar sus principales actividades operativas. Este fondo se conoce con el nombre de Fondo de Áreas Protegidas (FAP), y corresponde a una iniciativa desarrollada en 1999 entre el Ministerio del Ambiente del Ecuador y el Fondo Ambiental Nacional, con el apoyo de la cooperación internacional, a fin de diversificar las fuentes de financiamiento para áreas naturales protegidas públicas, proporcionando recursos financieros estables en el largo plazo. Como antecedentes a esto, cabe mencionar que el Fondo Ambiental Nacional fue creado por el Estado Ecuatoriano en el año 1996, como “un mecanismo financiero independiente de los planes, programas, proyectos y cualquier actividad tendiente a la protección, conservación y mejoramiento de los recursos naturales y el medio ambiente”. Este fondo, como una organización de derecho privado, capta, administra, asesora técnicamente y canaliza recursos financieros, sin participar directamente en la ejecución de campo.

Una iniciativa de integración fronteriza Amazónica, conocida como Programa Trinacional, promovida por los administradores de tres áreas protegidas (Parque Nacional Natural La Paya, Colombia; Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, Ecuador; y Parque Nacional Güeppí, Perú) permitió optimizar su efectividad del manejo bajo un modelo de gestión regional coordinada.

La iniciativa nace desde el año 2005, producto de espacios de diálogo entre representantes de estas área. Esta iniciativa se consolida en el 2006 con el Programa Trinacional, y se ha ido fortaleciendo en el tiempo. La primera decisión de apoyo financiero buscó establecer un convenio entre los Fondos Ambientales de los tres países. Posteriormente se consiguió apoyo financiero a través de varios proyectos que cubren líneas prioritarias, como gestión de área y zonas de influencia, participación social, fortalecimiento de capacidades institucionales, y fortalecimiento del corredor de conservación.

De esta manera, los Gobiernos de los tres países se unieron para buscar mecanismos operativos, técnicos y financieros que permitan la conservación y el desarrollo sostenible de este corredor, con la aspiración de constituirse en una experiencia piloto de gestión transfronteriza.

Uno de los grandes desafíos de la Reserva de Producción Fauna Cuyabeno fue la consolidación de sus límites y lograr acuerdos con las poblaciones locales y organizaciones indígenas para su gestión. La relevancia de integrar las variables culturales en los procesos de conservación nacionales, fueron la oportunidad para implementar el proyecto «Delimitación de la zona baja, solución de conflictos y sensibilización de las comunidades respecto del uso y manejo de los recursos en la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno». Este tuvo como objetivo mantener la integridad biológica y cultural de la Reserva, a través del fortalecimiento de alianzas entre el MAE y las comunidades indígenas de las nacionalidades Siona, Secoya, Cofán, Kichwa y Shuar; con territorios dentro del área. Así, desde 1995 se empezó a establecer Convenios de Uso y Manejo de Recursos Naturales con la mayoría de comunidades de estos cinco pueblos indígenas, buscando la participación local y el reconocimiento del área para una gestión compartida. Los convenios se constituyen en documentos formales de legitimación del derecho de los indígenas a habitar en la Reserva y de hacer uso de sus recursos naturales en condiciones especiales por estar dentro de un área protegida.

El Proyecto Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM) se diseñó en 1996, con la participación del Gobierno Nacional de Bolivia, la FAN, The Nature Conservancy (TNC), y tres empresas energéticas extranjeras, con el objetivo de evitar o mitigar la emisión de hasta 5,8 millones de toneladas de CO2 durante 30 años (1997-2026), en una superficie de más de 600.000 hectáreas.

El proyecto se posicionó como el primero de secuestro de carbono con base forestal a nivel mundial que busca ser replicado en otros países, pues logró certificar cerca de un millón de toneladas de CO2, en sus primeros 9 años de implementación (1997-2005).  Al ser una Actividad Implementada Conjuntamente bajo la Convención Marco de la Naciones Unidas sobre el Cambio Climático, se estableció un fondo fiduciario de 2.5 millones de dólares que aportaron a la sostenibilidad financiera del Parque en los Programas de Protección, Desarrollo Comunitario, Monitoreo y Verificación del secuestro de carbono, y Financiamiento de la conservación a largo plazo.

A pesar de que el periodo de vigencia del PAC-NKM es hasta el año 2026, desde el año 2013 se paralizó su ejecución para adecuarlo al nuevo marco político de Bolivia, vinculado al Mecanismo Conjunto de la Madre Tierra.

El marco jurídico boliviano establece el derecho legítimo de los grupos de actores locales a decidir sobre la gestión del las AP y sus recursos naturales. En el PN Noel Kempff Mercado, desde 1996 se desarrolló un modelo de gobernanza a través de la conformación de un Comité de Gestión, que se fue consolidando de manera paulatina, y que acompaña la planificación, toma de decisiones y logros alcanzados como resultado del manejo del área. Los actores que lo conforman provienen del sector gubernamental a nivel nacional, departamental y municipal; así como del sector no gubernamental, con la participación de la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN) durante el tiempo de co-administración del Parque (1995-2005). También cuenta con representantes de las siete comunidades indígenas y la Central Indígena del Bajo Paraguá. Adicionalmente, desde el año 2013 participan, solo con derecho a voto, dos instituciones gubernamentales adicionales que tienen importancia para el resguardo de los límites del área y para apoyar el desarrollo del AP y sus comunidades vecinas. Desde que se conformó el Comité de Gestión hasta la actualidad, su función ha sido actuar como un órgano fuerte de gestión del área protegida que no ha cesado en sus reuniones.

El modelo de co-administración del PN Noel Kempff Mercado entre el Gobierno Nacional de Bolivia y la Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN), durante 1995 y 2005, generó las bases del fortalecimiento institucional para la gestión del Parque. Esto permitió consolidar el área, y estructuró un proceso de planificación, mediante la aplicación de instrumentos de gestión institucionalizados, como el Plan de Protección (2013-2017) y el Plan Operativo Anual; herramientas hasta entonces poco utilizados en el SNAP. Así mismo, la FAN contribuyó en la consecución de fondos para asegurar la sostenibilidad de la gestión, principalmente mediante el Proyecto de Acción Climática Noel Kempff Mercado (PAC-NKM). Sumado a esto, la promoción de instancias participativas, como el Comité de Gestión del Parque, y el involucramiento de miembros de comunidades locales en instancias operativas y de toma de decisiones, han sido fundamentales en mejorar la gestión del Parque.

Lamentablemente este modelo de co-administración dejó de funcionar en 2006, debido a cambios en el contexto socio-político a escala nacional, que centralizaron la gestión de las AP desde el Gobierno Nacional, lo que ha impactado, principalmente, en la sostenibilidad financiara del Parque.