Con la creación del Parque Nacional Natural - Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis nació una nueva forma de relacionamiento entre pueblos indígenas y Estado colombiano. Fue necesario buscar mecanismos para asegurar la gobernabilidad y la conservación integral de sus sistemas de vida, sin interferir los derechos de dichos pueblos a su autonomía territorial ni al manejo cultural que tradicionalmente han efectuado. Una vez creado el Parque, se inició el proceso de formulación de su Régimen Especial de Manejo (REM), por medio del cual se genera la administración conjunta entre Parque Nacionales Naturales de Colombia (PNNC) y la Asociación de Capitanes Indígenas de Yaigojé Apaporis (ACIYA). Para establecer el REM, se requirió una metodología de investigación propia o endógena, propuesta por los mismos pueblos indígenas, y apoyada por la experiencia de la Fundación GAIA Amazonas. Esta metodología se basó en lineamientos emitidos en un Congreso Indígena amazónico, donde se identificaron todos los temas que serían recopilados en cada uno de los pueblos indígenas, para guiar la elaboración del REM. De este modo se promovió la participación de las comunidades con tres representantes indígenas y un shamán.

En 1988 se creó el Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis por solicitud de los pueblos indígenas Tanimuca, Yucana, Letuama, Matapí, Cabayari, Macuna, Barazano y Yujup-Macú. Posteriormente, en el 2008, mediante consenso en asamblea extraordinaria de las Autoridades Tradicionales y los Capitanes Indígenas (ATCI), estos pueblos decidieron solicitar la creación de un Parque Nacional superpuesto con los límites del Resguardo Indígena, considerando que esto eliminaría el desarrollo de actividades mineras y de explotación que pusieran en riesgo la biodiversidad y sus sitios sagrados, y por lo tanto, sus usos y costumbres, composición social y entorno ambiental.

La creación del Parque Nacional Natural – Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis tiene un largo proceso de trabajo con la Fundación GAIA Amazonas, la cual contó con el apoyo técnico y  financiero de la Fundación Gordon y Betty Moore. La decisión de pasar a un Régimen Especial de Manejo (REM) debía tener pleno respaldo local, asegurar la autonomía de los pueblos indígenas y fortalecer sus sistemas tradicionales; además, era necesario que los pueblos indígenas cuenten con facultades de negociación y coordinación para poder establecer acuerdo con el Estado.

La conservación participativa es un principio por el cual parte la estrategia de protección y conservación que se aplica en el PNCAZ, pues uno de los retos es cumplir con un efectivo control y vigilancia del AP, con sólo 45 guardaparques, para una extensión de más de 1.35 millones de hectáreas, y con un perímetro de casi 1.000 km. Por ello fue necesario generar una estrategia de participación para su conservación, con guardaparques comunales, de modo que se incorporen a las estrategias de Control y Vigilancia,  en el marco del Plan Maestro del Parque, los frentes de defensa de las poblaciones, rondas campesinas, e incluso las propias autoridades locales. Todos ellos han adquirido un compromiso por ayudar en la conservación y protección del parque, o en definir y planificar los asentamientos de las poblaciones para impedir su avance, y el cambio de uso del suelo.