O pensamento sistêmico é uma abordagem científica que começa com o todo. Ele é usado para o projeto de reservas de biosfera individuais, mas também para conectá-las a toda a rede internacional. Ele leva em conta as relações complexas, bem como as variáveis "suaves" que sustentam as emoções, a motivação e o comportamento humanos, proporcionando, assim, uma abordagem holística para questões políticas e sociais complexas. Sob essa perspectiva, as reservas da biosfera consistem em vários componentes que refletem relações complexas entre fatores naturais e socioeconômicos, entre estruturas físicas e valores humanos, entre espaço cultural e paisagem natural, ecologia política e ecologia criativa. A aplicação do pensamento sistêmico é realizada desde a fase de preparação da nomeação de uma reserva da biosfera até o projeto, o planejamento da gestão e a implementação. A aplicação do pensamento sistêmico ao projeto de uma reserva da biosfera permite identificar todos os elementos do ecossistema maior. No caso da CBR, essa abordagem permite a conexão entre a cidade antiga, influente para o desenvolvimento de todo o ecossistema como um porto histórico e seu patrimônio cultural em relação à área marinha protegida.