Systemdenken ist ein wissenschaftlicher Ansatz, der vom Ganzen ausgeht. Er wird für die Gestaltung einzelner Biosphärenreservate, aber auch für deren Einbindung in das gesamte internationale Netz verwendet. Es berücksichtigt komplexe Beziehungen sowie "weiche" Variablen, die menschliche Emotionen, Motivation und Verhalten untermauern, und bietet so einen ganzheitlichen Ansatz für komplexe politische und soziale Fragen. Aus dieser Perspektive bestehen Biosphärenreservate aus verschiedenen Komponenten, die komplexe Beziehungen zwischen natürlichen und sozioökonomischen Faktoren, zwischen physischen Strukturen und menschlichen Werten, zwischen Kulturraum und Naturlandschaft, politischer Ökologie und kreativer Ökologie widerspiegeln. Die Anwendung des Systemdenkens erfolgt von der Vorbereitungsphase der Nominierung eines Biosphärenreservats bis hin zur Konzeption, Managementplanung und Umsetzung. Die Anwendung des Systemdenkens auf die Gestaltung eines Biosphärenreservats ermöglicht es, alle Elemente des größeren Ökosystems zu identifizieren. Im Falle des CBR ermöglicht dieser Ansatz die Verbindung zwischen der alten Stadt, die als historischer Hafen und ihr kulturelles Erbe einen Einfluss auf die Entwicklung des gesamten Ökosystems hat, und dem Meeresschutzgebiet.