Systeemdenken is een wetenschappelijke benadering die uitgaat van het geheel. Het wordt gebruikt voor het ontwerp van individuele biosfeerreservaten, maar ook om ze te verbinden met het hele internationale netwerk. Het houdt rekening met zowel complexe relaties als "zachte" variabelen die ten grondslag liggen aan menselijke emoties, motivatie en gedrag en biedt zo een holistische benadering van complexe beleids- en sociale vraagstukken. Vanuit dit perspectief bestaan biosfeerreservaten uit verschillende componenten die complexe relaties weerspiegelen tussen natuurlijke en sociaaleconomische factoren, tussen fysieke structuren en menselijke waarden, tussen culturele ruimte en natuurlijk landschap, politieke ecologie en creatieve ecologie. De toepassing van systeemdenken vindt plaats vanaf de voorbereidingsfase van de nominatie van een biosfeerreservaat tot het ontwerp, de beheerplanning en de uitvoering. Door systeemdenken toe te passen op het ontwerp van een biosfeerreservaat kunnen alle elementen van het grotere ecosysteem worden geïdentificeerd. In het geval van het CBR maakt deze benadering de verbinding mogelijk tussen de oude stad, die van invloed is op de ontwikkeling van het hele ecosysteem als een historische haven en zijn culturele erfgoed in relatie tot het beschermde zeegebied.
In het CBR was de ecologische interconnectie tussen de erfgoedstad en het beschermde gebied duidelijk en het ontwerp moest rekening houden met de interface van het estuarium tussen de culturele systemen (nederzettingen) langs de Thu Bon rivier, de mangroves en de zee.
(1) Systeemdenken is een hulpmiddel voor managers en beleidsmakers om passende oplossingen te schetsen voor praktische problemen.
(2) Systeemdenken onderscheidt fundamentele problemen van hun symptomen en vergemakkelijkt zowel kortetermijninterventies als duurzame langetermijnstrategieën.