La pensée systémique est une approche scientifique qui part de l'ensemble. Elle est utilisée pour la conception de réserves de biosphère individuelles, mais aussi pour les relier à l'ensemble du réseau international. Elle prend en compte les relations complexes ainsi que les variables "douces" qui sous-tendent les émotions, la motivation et le comportement humains, offrant ainsi une approche holistique des questions politiques et sociales complexes. De ce point de vue, les réserves de biosphère se composent de divers éléments qui reflètent les relations complexes entre les facteurs naturels et socio-économiques, entre les structures physiques et les valeurs humaines, entre l'espace culturel et le paysage naturel, entre l'écologie politique et l'écologie créative. L'application de la pensée systémique s'effectue depuis la préparation de la nomination d'une réserve de biosphère jusqu'à la conception, la planification de la gestion et la mise en œuvre. L'application de la pensée systémique à la conception d'une réserve de biosphère permet d'identifier tous les éléments d'un écosystème plus large. Dans le cas de la RCC, cette approche permet de relier l'ancienne ville, qui a eu une influence sur le développement de l'ensemble de l'écosystème en tant que port historique, et son patrimoine culturel en relation avec l'aire marine protégée.