El pensamiento sistémico es un enfoque científico que parte del todo. Se utiliza para diseñar reservas de biosfera individuales, pero también para conectarlas con toda la red internacional. Tiene en cuenta tanto las relaciones complejas como las variables "blandas" que sustentan las emociones, la motivación y el comportamiento humanos, proporcionando así un enfoque holístico de las complejas cuestiones políticas y sociales. Desde esta perspectiva, las reservas de la biosfera constan de varios componentes que reflejan relaciones complejas entre factores naturales y socioeconómicos, entre estructuras físicas y valores humanos, entre espacio cultural y paisaje natural, ecología política y ecología creativa. La aplicación del pensamiento sistémico se lleva a cabo desde la fase de preparación de la candidatura de una reserva de la biosfera hasta el diseño, la planificación de la gestión y la puesta en marcha. Aplicar el pensamiento sistémico al diseño de una reserva de la biosfera permite identificar todos los elementos del ecosistema más amplio. En el caso de la RBC, este enfoque permite conectar la ciudad antigua, influyente en el desarrollo de todo el ecosistema, como puerto histórico y su patrimonio cultural en relación con la zona marina protegida.