Система канализации вносит свой вклад в улучшение качества воды. Уровень очистки сточных вод увеличился с 85 % в 1989 году до 99,8 % в 2013 году. В реки не попадают неочищенные сточные воды, и качество речной воды значительно улучшилось. Показатели БПК в крупных реках города в 2013 году снизились на 40-87 % по сравнению с 1984 годом. С другой стороны, в закрытых водоемах, таких как озера и прибрежные воды, все еще сохраняется эвтрофикация. Чтобы справиться с этой проблемой, город Йокогама внедрил передовые технологии очистки для удаления нитратов и фосфора, способствующих эвтрофикации. Количество очистных сооружений, применяющих передовую технологию очистки, увеличилось с двух в 1996 г. до восьми в 2013 г. В результате повысилась степень удаления азота и фосфора.
Очистные сооружения не полностью удаляют вредные вещества из сточных вод. Остатки нитратов и фосфора в очищенной воде способствуют эвтрофикации, особенно если они сбрасываются в закрытые водоемы. Чтобы сохранить богатую водную среду, все сточные воды перед сбросом в водоемы должны проходить коллективную или индивидуальную очистку. Кроме того, для улучшения качества воды необходимо применение эффективных технологий и постоянный мониторинг.