Il sistema fognario ha contribuito al miglioramento della qualità dell'acqua pubblica. Il tasso di copertura delle acque reflue è passato dall'85% del 1989 al 99,8% del 2013. Le acque reflue non trattate non confluiscono nei fiumi e la qualità delle acque fluviali è notevolmente migliorata. I valori di BOD nei principali fiumi della città sono diminuiti del 40-87% nel 2013 rispetto a quelli del 1984. D'altra parte, l'eutrofizzazione nei corpi idrici chiusi, come i laghi e le acque costiere, permane. Per far fronte a questo problema, la città di Yokohama ha introdotto una tecnologia di trattamento avanzata per rimuovere i nitrati e il fosforo che contribuiscono all'eutrofizzazione. Il numero di impianti di trattamento che applicano il processo di trattamento avanzato è aumentato da due nel 1996 a otto nel 2013. Di conseguenza, il tasso di rimozione di azoto e fosforo è aumentato.
Gli impianti di trattamento delle acque reflue non eliminano completamente le sostanze nocive dalle acque reflue. I resti di nitrati e fosforo presenti nelle acque trattate contribuiscono all'eutrofizzazione, soprattutto quando vengono scaricati in corpi idrici chiusi. Per preservare la ricchezza dell'ambiente idrico, tutte le acque reflue devono essere trattate con mezzi collettivi o individuali prima di essere scaricate nei corpi idrici. Inoltre, l'applicazione di tecnologie efficaci e il monitoraggio continuo sono essenziali per migliorare la qualità dell'acqua.