Das Abwassersystem hat zur Verbesserung der öffentlichen Wasserqualität beigetragen. Der Abwasserversorgungsgrad stieg von 85 % im Jahr 1989 auf 99,8 % im Jahr 2013. Es fließt kein unbehandeltes Abwasser in die Flüsse, und die Wasserqualität der Flüsse hat sich deutlich verbessert. Die BSB-Werte in den großen Flüssen der Stadt sind 2013 im Vergleich zu 1984 um 40 bis 87 % gesunken. Andererseits ist die Eutrophierung in geschlossenen Gewässern wie Seen und Küstengewässern nach wie vor vorhanden. Um dieses Problem in den Griff zu bekommen, hat die Stadt Yokohama eine fortschrittliche Behandlungstechnologie eingeführt, um Nitrat und Phosphor zu entfernen, die zur Eutrophierung beitragen. Die Zahl der Kläranlagen, die fortschrittliche Behandlungsverfahren anwenden, stieg von zwei im Jahr 1996 auf acht im Jahr 2013, wodurch sich die Stickstoff- und Phosphorentfernungsrate erhöhte.
Kläranlagen beseitigen schädliche Stoffe nicht vollständig aus dem Abwasser. Reste von Nitrat und Phosphor im behandelten Wasser tragen zur Eutrophierung bei, insbesondere wenn sie in geschlossene Gewässer eingeleitet werden. Um eine reiche Wasserumwelt zu erhalten, müssen alle Abwässer vor der Einleitung in die Gewässer kollektiv oder individuell behandelt werden. Darüber hinaus sind die Anwendung wirksamer Technologien und eine kontinuierliche Überwachung von wesentlicher Bedeutung für die Verbesserung der Wasserqualität.