El sistema de alcantarillado ha contribuido a mejorar la calidad del agua pública. La tasa de cobertura del alcantarillado pasó del 85% en 1989 al 99,8% en 2013. A los ríos no llegan aguas residuales sin tratar, y la calidad del agua de los ríos ha mejorado significativamente. Los valores de DBO en los principales ríos de la ciudad disminuyeron entre un 40 % y un 87 % en 2013 con respecto a los de 1984. Por otro lado, sigue habiendo eutrofización en masas de agua cerradas como lagos y aguas costeras. Para hacer frente a este problema, la ciudad de Yokohama introdujo tecnología de tratamiento avanzada para eliminar el nitrato y el fósforo que contribuyen a la eutrofización. El número de plantas de tratamiento que aplican el proceso de tratamiento avanzado pasó de dos en 1996 a ocho en 2013, con lo que aumentó la tasa de eliminación de nitrógeno y fósforo.
Las depuradoras no eliminan por completo las sustancias nocivas de las aguas residuales. Los restos de nitrato y fósforo en las aguas tratadas contribuyen a la eutrofización, especialmente cuando se vierten en masas de agua cerradas. Para preservar la riqueza del medio acuático, todas las aguas residuales deben tratarse por medios colectivos o individuales antes de verterse a las masas de agua. Además, la aplicación de tecnologías eficaces y la vigilancia continua son esenciales para mejorar la calidad del agua.