Kanalizasyon sistemi, kamusal su kalitesinin iyileştirilmesine katkıda bulunmaktadır. Kanalizasyon kapsama oranı 1989'da %85 iken 2013'te %99,8'e yükselmiştir. Nehirlere arıtılmamış atık su akmamaktadır ve nehir suyu kalitesi önemli ölçüde iyileşmiştir. Şehirdeki başlıca nehirlerdeki BOİ değerleri 1984 yılına kıyasla 2013 yılında %40-87 oranında azalmıştır. Öte yandan, göller ve kıyı suları gibi kapalı su kütlelerinde ötrofikasyon hala devam etmektedir. Yokohama Şehri bu sorunla başa çıkmak için ötrofikasyona katkıda bulunan nitrat ve fosforu gidermek üzere ileri arıtma teknolojisini uygulamaya koymuştur. İleri arıtma prosesi uygulayan arıtma tesislerinin sayısı 1996'da ikiyken 2013'te sekize çıkmıştır. Sonuç olarak azot ve fosfor giderim oranı artmıştır.
Atıksu arıtma tesisleri, zararlı maddeleri atıksudan tamamen ortadan kaldırmaz. Arıtılmış sudaki nitrat ve fosfor kalıntıları, özellikle kapalı su kütlelerine deşarj edildiklerinde ötrofikasyona katkıda bulunurlar. Zengin su ortamını korumak için, tüm atık suların su kütlelerine deşarj edilmeden önce toplu veya bireysel yollarla arıtılması gerekmektedir. Ayrıca, etkili teknolojilerin uygulanması ve sürekli izleme, su kalitesini artırmak için gereklidir.