Het rioleringssysteem heeft bijgedragen aan de verbetering van de kwaliteit van het openbare water. De dekkingsgraad van de riolering is gestegen van 85% in 1989 naar 99,8% in 2013. Er stroomt geen onbehandeld afvalwater in rivieren en de kwaliteit van het rivierwater is aanzienlijk verbeterd. De BZV-waarden in de grote rivieren in de stad zijn in 2013 met 40 tot 87% gedaald ten opzichte van 1984. Aan de andere kant is er nog steeds sprake van eutrofiëring in ingesloten wateren zoals meren en kustwateren. Om dit probleem aan te pakken heeft de stad Yokohama geavanceerde behandelingstechnologie geïntroduceerd om nitraat en fosfor te verwijderen die bijdragen aan eutrofiëring. Het aantal zuiveringsinstallaties dat een geavanceerd zuiveringsproces toepast, nam toe van twee in 1996 tot acht in 2013. Als gevolg daarvan nam het verwijderingspercentage van stikstof en fosfor toe.
Afvalwaterzuiveringsinstallaties verwijderen schadelijke stoffen niet volledig uit afvalwater. Restanten nitraat en fosfor in gezuiverd water dragen bij aan eutrofiëring, vooral wanneer ze in gesloten waterlichamen worden geloosd. Om een rijk watermilieu te behouden, moet al het afvalwater collectief of individueel worden gezuiverd voordat het in waterlichamen wordt geloosd. Bovendien zijn de toepassing van effectieve technologieën en continue monitoring essentieel om de waterkwaliteit te verbeteren.