ساهم نظام الصرف الصحي في تحسين جودة المياه العامة. ارتفع معدل تغطية مياه الصرف الصحي من 85% في عام 1989 إلى 99.8% في عام 2013. لا تتدفق مياه الصرف الصحي غير المعالجة إلى الأنهار، وتحسنت جودة مياه الأنهار بشكل ملحوظ. انخفضت قيم حمض BOD في الأنهار الرئيسية في المدينة بنسبة 40 - 87% في عام 2013 عن تلك التي كانت في عام 1984. من ناحية أخرى، لا تزال المغذيات في المسطحات المائية المغلقة مثل البحيرات والمياه الساحلية قائمة، ولمواجهة هذه المشكلة، أدخلت مدينة يوكوهاما تكنولوجيا معالجة متقدمة لإزالة النترات والفوسفور التي تساهم في التخثث. وارتفع عدد محطات المعالجة التي تطبق عملية المعالجة المتقدمة من محطتين في عام 1996 إلى ثماني محطات في عام 2013. ونتيجة لذلك، ارتفع معدل إزالة النيتروجين والفوسفور.