Marxan ya da SeaSketch gibi karar destek sistemleri (KDS) ya da analitik araçlar, bir planlama sorununa hızlı ve güvenilir bir çözüm sağlayarak etkili bir deniz mekansal planlaması için genellikle bir ön koşul olarak tanıtılmaktadır. KDS kullanıcılarının, KDS'yi kullanmanın 'cevabı' üreteceğini ve dolayısıyla planlama sorunlarına çözüm sağlayacağını ummaları doğaldır. Çoğu zaman, KDS'ler diğer planlama yöntemleri kullanılarak değiştirilmesi gereken basit sonuçlar üretir. Tüm KDS araçlarının sınırlamaları vardır ve eksik ya da yetersiz verileri telafi edemezler. İstenmeyen yan etkiler üretebilirler ve genellikle gerçek dünyadaki planlama sorunlarının karmaşıklığıyla eşleşemezler. Sosyal, kültürel ve ekonomik değerler dikkate alınmadığı takdirde planlama sonuçlarının pratik değeri çok azdır - ancak bu tür veriler DSS'ye uygun bir biçimde veya uygun bir mekansal çözünürlükte nadiren mevcuttur. GBR'de, DSS çeşitli 'alım yapılamaz' bölge seçeneklerinin bir 'ayak izini' oluşturdu, ancak sekiz bölge türünü karşılayamadı, bu nedenle diğer planlama yöntemlerinin uygulanması gerekiyordu. Ancak asıl fayda, mümkün olan en iyi ava kapalı bölge ağının geliştirilmesini sağlayacak metriklerin üretilebilmesiydi.

GBR'deki yeni ava kapalı bölgeler (NTZ) ağına, rezerv tasarımının genel ilkeleri ve GBR ekosistemi hakkındaki mevcut en iyi bilgiler kullanılarak geliştirilen 11 Biyofiziksel Operasyonel İlke rehberlik etmiştir (bkz. Kaynaklar). Bunlar şunları içeriyordu:

• Birkaç büyük (çok sayıda küçük yerine) NTZ'ye sahip olun
• Olumsuz etkilere karşı güvence sağlamak için NTZ'lerin yeterli sayıda çoğaltılması
• Bir resifin NTZ içinde olduğu durumlarda, resifin tamamı dahil edilmelidir
• NTZ'lerde her bir biyolojik bölgenin en az %20'sinin temsil edilmesi
• NTZ ağında sahanlıklar arası ve enlemsel çeşitliliği temsil eder
• Uygulanabilir ağlar oluşturmak için bağlanabilirlik gibi çevresel bilgilerin kullanımını en üst düzeye çıkarmak
• Biyofiziksel olarak özel/eşsiz yerleri dahil edin
• NTZ'leri seçerken bitişik deniz kullanımlarını ve arazi kullanımlarını göz önünde bulundurun

Dört Sosyal, Ekonomik, Kültürel ve Yönetim Fizibilitesi Operasyonel İlkesi de uygulanmıştır:

• NTZ'lerin insani değerler, faaliyetler ve fırsatlarla tamamlayıcılığının en üst düzeye çıkarılması;
• NTZ'lerin nihai seçiminde sosyal maliyet ve faydaların dikkate alınmasını sağlamak;
• NTZ'lerin mevcut ve gelecekteki yönetim ve kullanım düzenlemelerini tamamlayan ve içeren yerlere yerleştirilmesini azami düzeye çıkarmak; ve
• NTZ'lerin kamuoyu tarafından anlaşılmasını ve kabul edilmesini en üst düzeye çıkarmak ve NTZ'lerin uygulanmasını kolaylaştırmak.

Bölge sınırları coğrafi bir özelliğin kenarından belirli bir mesafe olarak tanımlanabilir (örneğin 'resif kenarından 500 m'). Bu normalde düzensiz şekilli bir bölge sınırı ile sonuçlanır. Bir resifin ya da bir grup resifin bu şekilde tasvir edilmesi harita üzerinde ekolojik açıdan uygun görünebilir, ancak bölge sınırlarını çizmek için bu tür özelliklerin kenarını kullanmanın su üzerinde yorumlanmasının çok zor olduğu kanıtlanmıştır. Örneğin, birçok resif parçası parçalanmış veya zaman zaman su altında kalmıştır, bu nedenle resif kenarını belirlemek ve daha sonra bunu bir mesafeyi tahmin etmek için kullanmak su üzerinde zordur. Ayrıca su üzerinde 500 m'yi (hatta 100 m'yi) tahmin etmek kolay değildir. Bu nedenle 2003 GBR İmar Planında enlem/boylam temelli, derece ve ondalık dakika cinsinden gösterilen koordinat bazlı bölge sınırları getirilmiştir. Bunlar ekolojik özellikleri tamamen kapsamaktadır (yani tüm resiflerin/adaların kenarının çok dışında). Bölge sınırları, navigasyon kolaylığı için kuzey, güney, doğu ve batı yönündedir veya kolayca belirlenen iki koordinat arasındaki düz çizgilerden oluşur. Düz çizgiler 'ekolojik açıdan daha az uygun' görünmektedir, ancak özellikle küresel konumlandırma sistemi GPS veya plotter gibi elektronik cihazlar kullanılıyorsa, açık deniz alanlarında yerlerinin belirlenmesi ve uygulanması daha kolaydır.

Faaliyete göre bölgelendirme yerine amaca göre bölgelendirme arasındaki fark en iyi örnekle açıklanabilir; 'trolle avlanmanın yasak olduğu' bir bölge bir faaliyetin yasak olduğunu açıkça gösterebilir (yani bu bölgede tüm trol avcılığı yasaklanmıştır), ancak başka hangi faaliyetlere izin verilip verilmeyeceği net olmayabilir. Habitat Koruma Bölgesinin amacı, bentik habitat(lar) üzerinde (nispeten) minimum etkiye sahip bir dizi faaliyetin bu bölge içinde gerçekleşmesine olanak tanır; örneğin, tekne gezintisi, dalış ve sınırlı etkiye sahip araştırmalara izin verilmesinin yanı sıra olta balıkçılığı, ağla avlanma, trolle avlanma ve zıpkınla balık avlama gibi bazı çıkarıcı faaliyetlere de izin verilir (yani, balıkçılık faaliyetlerinin tümü olmasa da bazıları). Ancak bölgenin amacı ve ilgili bölgeleme hükümleri dip trolü, dip taraması ya da bu bölgedeki hassas habitatlara zarar veren diğer faaliyetleri açıkça yasaklamaktadır. Çoğu okyanusta yönetilmesi gereken çok sayıda mevcut veya potansiyel denizcilik faaliyeti vardır, ancak bu faaliyetlerin çoğu birbirini tamamlayıcı niteliktedir ve aynı bölge içerisinde gerçekleşebilir; eğer bölgeleme mevcut tüm faaliyetleri ele almak için kullanılacaksa (ve okyanus bölgelemesi bunu yapmak için kesinlikle önemli bir araçtır), o zaman bölgelemenin her bir faaliyet yerine hedefe göre yapılması tercih edilir.

Dünyanın bazı bölgelerinde bölgeleme yalnızca belirli alanlarda belirli faaliyetlere izin verilmesi ya da yasaklanması esasına dayanmaktadır. GBR'de her biri farklı bölge hedeflerine sahip bir bölge yelpazesi mevcuttur; bu bölgeler, her bir faaliyetin ilgili bölge hedefine uygun olması koşuluyla bir dizi faaliyetin gerçekleşmesine izin verir. İmar Planı hükümleri GBR'deki tüm kullanıcılar için geçerlidir. İmar Planı, her bölge için iki özel 'kullanım veya giriş' hükümleri listesini ayrıntılı olarak ortaya koymaktadır; bunlar söz konusu bölgede uygun olan faaliyet türlerinin belirlenmesine yardımcı olmaktadır. 1. İlk liste, o bölgede gerçekleşmesine izin verilen ('as of right') ve izin gerektirmeyen faaliyetleri gösterir; 2. İkinci liste, söz konusu bölgede hangi faaliyetlerin gerçekleşebileceğini, ancak bir izin değerlendirildikten ve başvuru gerekli tüm şartları karşılıyorsa izin verildikten sonra şart koşar. Yönetmelikler değerlendirme sürecini ve izin kriterlerini belirler; bunlar önerilen faaliyete bağlı olarak değişir. Bazı bölgeler aynı zamanda farklı koruma seviyeleri sağlayan balıkçılık araçlarının türlerine ilişkin kısıtlamalar da öngörebilir. Bir faaliyet yukarıda (1) veya (2)'de listelenmemişse, o bölgede yasaktır.