在执行规划或分区任务时，规划师很少能获得他们想要的整个规划区域的所有信息或知识。无论是在整个规划区域内获得更一致的生态数据，还是更全面地了解各种社会和经济信息，规划者通常都会面临以下选择：

1. 等待获得更多数据（最终目标是积累所有所需数据集的 "完美 "信息）；或
2. 利用现有的最佳科学知识开展工作，虽然这些知识并不完美，但只要（规划者和决策者）了解数据的不足之处并向公众和决策者清楚解释，这些知识就足够了。对海洋生态系统的认识不足会妨碍在规划时制定有意义的目标或理想结果。大卫-铃木（David Suzuki）在 2002 年提出质疑："......迄今为止，我们实际确定的......约占所有生物的 10-20%"，"......我们对组成成分的清点如此之少，对所有组成部分如何相互作用的蓝图几乎毫无用处，我们如何能有效地进行规划和管理？

决策支持系统（DSS）或分析工具，如 Marxan 或 SeaSketch，经常被宣传为有效进行海洋空间规划的先决条件，为规划问题提供快速可靠的解决方案。设计支持系统的用户自然希望使用设计支持系统能产生 "答案"，从而为他们的规划问题提供解决方案。通常情况下，设计支持系统产生的结果比较简单，需要使用其他规划方法进行修改。所有的设计支持系统工具都有局限性，无法弥补缺失或不完整的数据。它们可能会产生意想不到的副作用，而且往往无法与现实世界规划问题的复杂性相匹配。如果不考虑社会、文化和经济价值，规划结果就没有什么实际价值--然而，这些数据很少能以适合 DSS 的形式或适当的空间分辨率随时提供。在 GBR，DSS 生成了各种 "禁捕 "区选项的 "足迹"，但它无法满足八种区域类型的要求，因此需要采用其他规划方法。然而，真正的好处是能够生成指标，为制定最佳的禁渔分区网络提供依据。

GBR 新的禁渔区（NTZ）网络以 11 项生物物理操作原则为指导，这些原则是利用保护区设计的一般原则和 GBR 生态系统的现有最佳知识制定的（见资源）。这些原则包括

• 拥有几个较大的（而不是许多较小的）非专属经济区
• 有足够多的国家级保护区以避免负面影响
• 如果一个珊瑚礁位于一个非专属经济区内，则整个珊瑚礁都应包括在内
• 在濒危物种区内，每个生物区至少占 20
• 在滩区网络中体现跨大陆架和纬度的多样性
• 最大限度地利用环境信息，如连通性，以形成可行的网络
• 纳入生物物理上特殊/独特的地方
• 在选择非军事区时考虑邻近海域的用途和土地使用情况

还采用了四项社会、经济、文化和管理可行性业务原则：

• 最大限度地提高非军事区与人类价值、活动和机遇的互补性；
• 确保非军事区的最终选择考虑到社会成本和效益；
• 最大限度地将濒危野生动植物保护区安置在与当前和未来的管理和保有权安排相辅相成的地点；以及
• 最大限度地提高公众对非军事区的理解和接受程度，并促进非军事区的实施。

区域边界可描述为距离地理特征边缘的特定距离（如 "距离珊瑚礁边缘 500 米"）。这通常会造成不规则形状的区域边界。在地图上，以这种方式描绘一个或一组珊瑚礁可能在生态学上看起来是合适的，但事实证明，使用这种地物的边缘来绘制区域边界在水上很难解释。例如，许多礁石部分支离破碎，有时甚至被淹没，因此很难在水上确定礁石边缘，然后以此估算距离。此外，在水面上估计 500 米（甚至 100 米）的距离也不容易。因此，2003 年 GBR 分区规划中引入了基于经度/纬度的坐标区边界，以度和十进制分表示。这些界限完全涵盖了生态特征（即远远超出整个珊瑚礁/岛屿的边缘）。为便于导航，区域边界以北、南、东、西为方向，或由两个易于确定的坐标之间的直线组成。直线看起来不太 "符合生态要求"，但在近海区域更容易定位和执行，尤其是在使用全球定位系统或绘图仪等电子设备的情况下。

按目标分区与按活动分区之间的区别最好用实例来解释；"禁止拖网捕捞 "区可能明确表示禁止某项活动（即该区禁止所有拖网捕捞活动），但可能不清楚允许或不允许开展哪些其他活动。栖息地保护区的目标允许在该区域内开展一系列对海底栖息地影响（相对）最小的活动；例如，允许划船、潜水和影响有限的研究，以及允许一些采掘活动，如线钓、网钓、拖钓和鱼叉捕鱼（即部分但非全部捕鱼活动）。但是，该区域的目标和相关分区规定明确禁止底拖网捕捞、挖泥或任何其他破坏该区域敏感生境的活动。在大多数海洋中，有许多现有的或潜在的海洋活动需要管理，但其中许多活动是相辅相成的，可以在同一区域内进行；如果要利用分区来处理所有现有活动（海洋分区无疑是处理这些活动的重要工具之一），那么最好是按目标进行分区，而不是按每项活动进行分区。

在世界上的某些地方，分区的唯一依据是允许或禁止在特定区域开展特定活动。在 GBR，有一系列的分区，每个分区都有不同的分区目标；这些分区允许一系列的活动，但每项活动都必须符合相关的分区目标。分区规划的规定适用于GBR的所有使用者。分区规划为每个分区详细列出了两份具体的 "使用或进入 "规定清单；这些规定有助于确定适合该特定分区的活动类型。1.第一份清单列出了允许在该区域开展的活动（"理所当然"），这些活动不需要获得许可； 2. 第二份清单规定了可以在该特定区域开展的活动，但必须经过许可评估，如果申请符合所有必要条件，则必须获得许可。条例规定了许可证的评估程序和标准；这些程序和标准因拟议的活动而异。一些区域还可能规定了对渔具类型的限制，这也提供了不同程度的保护。如果某项活动未列入上述（1）或（2）中，则在该区域内禁止进行。