El principal objetivo de la GIP es reducir la infestación de cualquier plaga por debajo del umbral de daño. La compra de plaguicidas químicos suele ser demasiado cara para los agricultores de subsistencia. No obstante, sigue siendo vital algún tipo de control de plagas, ya que una infestación grave puede provocar la pérdida total de la cosecha. En este sentido, el proyecto promueve la aplicación de la GIP, que requiere un seguimiento permanente del estado fitosanitario de los campos, para tomar a tiempo las medidas adecuadas. Para garantizar un huerto resistente, en primer lugar deben aplicarse medidas fitosanitarias y de control biológico de plagas. Las medidas fitosanitarias implican el uso de plantones certificados, libres de plagas y enfermedades. Es importante realizar una poda adecuada, para eliminar las ramas infestadas por la muerte y para prevenir enfermedades como el mildiu, ya que las hojas se secan poco después de la lluvia o el rocío. En caso de plaga, se pueden preparar insecticidas caseros mezclando especias (guindilla, ajo, cebolla, etc.) o plantas tóxicas (nogal, tabaco, etc.) con jabón, alcohol o aceite. Pueden aplicarse para controlar insectos, como pulgones, trips y ácaros. Otra medida para controlar las plagas consiste en proporcionar fuentes de forraje y escondites a sus enemigos naturales.