Un factor esencial en la integración de aspectos clave del cambio climático y biodiversidad en la planificación territorial a nivel municipal fue el fortalecimiento de capacidades locales en materia de ordenamiento territorial, servicios ecosistémicos y adaptación al cambio climático. Esto se dio a nivel de las administraciones municipales, personal de Parques Naturales Nacionales de Colombia y de áreas protegidas, y de comunidades locales. Igualmente importante fue la gestión del conocimiento para contar con insumos que faciliten la elaboración de propuestas de política pública en esta temática. Tal es el caso de la elaboración de diagnósticos de los Planes Básicos de Ordenamiento Territorial en los dos municipios, para analizar el grado de inclusión de AP y generar recomendaciones para una mayor integración; la realización de diagnósticos e identificación de servicios ecosistémicos, para visibilizar la importancia de las AP en el desarrollo territorial y en la calidad de vida de la población circundante; así como para  la identificación de riesgos asociados al cambio climático y estrategias de adaptación, desde las experiencias locales, a fin de contribuir a la resiliencia de los ecosistemas en el contexto del ordenamiento territorial.

En cumplimiento a las metas establecidas en el Plan de Acción Institucional del Sistema de Parques Nacionales y el Plan de Acción del SNAP, Parques inicio el proceso de integración de AP a instrumentos técnicos y de política pública nacional, regional y local. Con la expedición de la Ley Orgánica de Ordenamiento Territorial de Colombia por el Congreso de la República, y la creación de la Comisión de Ordenamiento Territorial (COT), conformada por 7 instituciones, entre ellas el Departamento Nacional de Planeación, que ejerce la Secretaria Técnica, se inició el proceso de conformación del Comité Especial Interinstitucional (CEI) de la COT. Parques Nacionales fue incluido como una de las 6 instituciones invitadas permanentes en el CEI, debido a sus gestiones en política pública, elaboración de documentos técnicos, y desarrollo de 8 casos piloto en diferentes regiones del país, con lo que se pretende aportar insumos para la formulación de la Política General de Ordenamiento Territorial, desde un enfoque multinivel, interinstitucional y participativo. UICN-América del Sur propone ser parte de este proceso nacional, con el apoyo a la implementación de 2 de los casos piloto, por medio del  proyecto global “Planificación de Ordenamiento Territorial Integrado para la Biodiversidad”.  

Con la creación del Parque Nacional Natural - Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis nació una nueva forma de relacionamiento entre pueblos indígenas y Estado colombiano. Fue necesario buscar mecanismos para asegurar la gobernabilidad y la conservación integral de sus sistemas de vida, sin interferir los derechos de dichos pueblos a su autonomía territorial ni al manejo cultural que tradicionalmente han efectuado. Una vez creado el Parque, se inició el proceso de formulación de su Régimen Especial de Manejo (REM), por medio del cual se genera la administración conjunta entre Parque Nacionales Naturales de Colombia (PNNC) y la Asociación de Capitanes Indígenas de Yaigojé Apaporis (ACIYA). Para establecer el REM, se requirió una metodología de investigación propia o endógena, propuesta por los mismos pueblos indígenas, y apoyada por la experiencia de la Fundación GAIA Amazonas. Esta metodología se basó en lineamientos emitidos en un Congreso Indígena amazónico, donde se identificaron todos los temas que serían recopilados en cada uno de los pueblos indígenas, para guiar la elaboración del REM. De este modo se promovió la participación de las comunidades con tres representantes indígenas y un shamán.

En 1988 se creó el Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis por solicitud de los pueblos indígenas Tanimuca, Yucana, Letuama, Matapí, Cabayari, Macuna, Barazano y Yujup-Macú. Posteriormente, en el 2008, mediante consenso en asamblea extraordinaria de las Autoridades Tradicionales y los Capitanes Indígenas (ATCI), estos pueblos decidieron solicitar la creación de un Parque Nacional superpuesto con los límites del Resguardo Indígena, considerando que esto eliminaría el desarrollo de actividades mineras y de explotación que pusieran en riesgo la biodiversidad y sus sitios sagrados, y por lo tanto, sus usos y costumbres, composición social y entorno ambiental.

La creación del Parque Nacional Natural – Resguardo Indígena Yaigojé Apaporis tiene un largo proceso de trabajo con la Fundación GAIA Amazonas, la cual contó con el apoyo técnico y  financiero de la Fundación Gordon y Betty Moore. La decisión de pasar a un Régimen Especial de Manejo (REM) debía tener pleno respaldo local, asegurar la autonomía de los pueblos indígenas y fortalecer sus sistemas tradicionales; además, era necesario que los pueblos indígenas cuenten con facultades de negociación y coordinación para poder establecer acuerdo con el Estado.

La Ley del Sistema Nacional de Unidades de Conservación, publicada en julio del 2000, estableció el Enfoque de Mosaicos de Conservación. Los mosaicos son “un conjunto de Unidades de Conservación (UC) de categorías diferentes o no, próximos, yuxtapuestas o superpuestas, y otras AP, públicas o privadas”, cuya gestión debe realizarse de manera integrada, de acuerdo a los objetivos de cada UC.

Ante el desafío de manejar los conflictos socio-ambientales y optimizar los recursos humanos, financieros y materiales, el 2010 se estableció el Mosaico de Conservación Bajo Río Negro, con una superficie de 7.329.220 hectáreas, conformado por 11 UC, entre ellas el PN de Jaú y la RESEX del Río Unini.

La implementación de este enfoque prioriza los procesos de conservación en porciones mayores de territorio, lo que permite la gestión integral de paisajes localizados a lo largo de los ríos Jaú y Unini, al norte, y el Bajo Negro al sur del mosaico. Al ver a las AP como partes de un todo, funcionales y conectadas entre sí, fue necesario incorporar en el diseño de los planes de manejo una metodología participativa, que promoviera el involucramiento de múltiples actores en la toma de decisiones para el manejo del territorio y sus recursos naturales.

El PN de Jaú representa una de las mayores extensiones de bosque húmedo tropical protegidas en el mundo, que protege gran parte de una cuenca hidrográfica de aguas negras. Por su importancia, esta AP fue priorizada por el Programa de Áreas Protegidas de la Amazonía (ARPA), un programa gubernamental de Brasil, creado en el año 2002, liderado por el Ministerio de Medio Ambiente, y gestionado por el Fondo Brasileño para la Biodiversidad (Funbio).

El programa ARPA cuenta con el financiamiento del Fondo Mundial para el Medio Ambiente (GEF), el gobierno alemán, el Fondo Mundial para la Vida Silvestre (WWF), el Fondo Amazonía, a través del Banco Nacional de Desarrollo Económico y Social de Brasil (BNDES), la Fundación Moore y, actualmente, empresas privadas que son donantes del programa. Tiene una vigencia de 13 años, y su objetivo es expandir y fortalecer el Sistema Nacional de Áreas Protegidas de la Amazonía en Brasil, mediante la protección de 60 millones de hectáreas de Unidades de Conservación en el bioma Amazónico; y asegurar la sostenibilidad de su gestión a corto y largo plazo. Se implementa en tres fases independiente y continuas. La primera entre 2003 y 2010, la segunda entre 2010 y 2015, y la tercera, con un plazo de 25 años.