Lorsque les gouvernements concernés ont commencé à mettre en œuvre l'accord au cours des réunions successives des parties, il est devenu évident que les pays n'avaient pas l'intention de créer un organisme de gestion approprié pour le sanctuaire Pelagos et que, par conséquent, les mesures de gestion étaient insuffisantes pour contrer les menaces existantes pesant sur les cétacés de la zone (navigation, perturbations, pollution sonore et chimique, etc.) Cette situation a incité les ONG et les communautés scientifiques de France et d'Italie à faire pression sur les agences gouvernementales et à promouvoir une action de sensibilisation par le biais des médias et d'autres moyens, la communication de résultats scientifiques et la diffusion d'une pétition visant à accroître l'efficacité de la conservation du Sanctuaire.