Durante todo o processo de designação dos locais sagrados nas Montanhas Kii como patrimônio cultural e patrimônio natural (como parte de um parque nacional) e, mais tarde, incluídos na Reserva da Biosfera, para finalmente fazer parte da propriedade do Patrimônio Mundial, as entidades religiosas receberam oficialmente a proteção e o gerenciamento de acordo com o conhecimento tradicional carregado por séculos, com base em crenças religiosas e valores sagrados. Por exemplo, devido ao seu caráter sagrado, as florestas primitivas foram conservadas sob rigorosas proibições de corte pelas diferentes comunidades religiosas. As paisagens montanhosas são interpretadas como "mandalas" materializadas pelos budistas Shingon, e os praticantes de Shugendo reproduzem as "mandalas" fazendo peregrinações e realizando suas práticas ascéticas nesses ambientes naturais. Para os peregrinos, as montanhas Kii representam o paraíso na terra. Outro exemplo é a floresta sagrada de Nachi, que foi designada como "Monumento Natural" de acordo com a Lei de Proteção de Bens Culturais, e o gerenciamento foi feito pelo santuário xintoísta Kumano Nachi, como parte de seu local sagrado. A cachoeira Nachi é considerada sagrada. Isso significa que as águas sagradas não podem ser tocadas ou desviadas.