Durante l'intero processo di designazione dei luoghi sacri dei Monti Kii come patrimonio culturale e naturale (come parte di un parco nazionale), e successivamente inclusi nella Riserva della Biosfera, per entrare infine a far parte del Patrimonio dell'Umanità, agli enti religiosi è stata ufficialmente garantita la loro protezione e gestione secondo le conoscenze tradizionali portate avanti per secoli, basate su credenze religiose e valori sacri. Per esempio, a causa del loro carattere sacro, le foreste primordiali sono state conservate con severi divieti di abbattimento dalle diverse comunità religiose. I paesaggi montani sono interpretati come "mandala" materializzati dai buddisti Shingon, e i praticanti dello Shugendo riproducono i "mandala" facendo pellegrinaggi e svolgendo le loro pratiche ascetiche in questi ambienti naturali. Per i pellegrini, le montagne Kii rappresentano il paradiso terrestre. Un altro esempio è la foresta sacra di Nachi, che è stata designata come "monumento naturale" ai sensi della legge per la protezione dei beni culturali e la cui gestione è stata affidata al santuario shintoista di Kumano Nachi, come parte del loro luogo sacro. La cascata Nachi è considerata sacra. Ciò significa che le acque sacre non possono essere toccate o deviate.