Tijdens het hele proces waarin de heilige plaatsen in het Kii gebergte werden aangeduid als cultureel erfgoed en natuurlijk erfgoed (als onderdeel van een nationaal park), en later werden opgenomen in het biosfeerreservaat, om uiteindelijk deel uit te maken van het werelderfgoed, kregen de religieuze organen officieel de toestemming om ze te beschermen en te beheren volgens de traditionele kennis die ze al eeuwenlang meedragen, gebaseerd op religieuze overtuigingen en heilige waarden. Vanwege hun heilige karakter zijn oerbossen bijvoorbeeld door de verschillende religieuze gemeenschappen bewaard onder strikte kapverboden. De berglandschappen worden door Shingon boeddhisten geïnterpreteerd als gematerialiseerde "mandala's" en Shugendo beoefenaars reproduceren "mandala's" door pelgrimstochten te maken en hun ascetische praktijken uit te voeren in deze natuurlijke omgevingen. Voor pelgrims vertegenwoordigen de Kii bergen het paradijs op aarde. Een ander voorbeeld is het heilige bos van Nachi, dat is aangewezen als "Natuurmonument" onder de Wet op de Bescherming van Cultureel Eigendom en dat wordt beheerd door het Kumano Nachi Shinto heiligdom, als onderdeel van hun heilige plaats. De Nachi waterval wordt als heilig beschouwd. Dit betekent dat het heilige water niet aangeraakt of omgeleid mag worden.