Während des gesamten Prozesses, in dem die heiligen Stätten in den Kii-Bergen als Kultur- und Naturerbe (als Teil eines Nationalparks) ausgewiesen und später in das Biosphärenreservat aufgenommen wurden, um schließlich Teil des Weltkulturerbes zu werden, wurde den religiösen Körperschaften offiziell ihr Schutz und ihre Bewirtschaftung gewährt, und zwar nach dem seit Jahrhunderten überlieferten Wissen, das auf religiösen Überzeugungen und heiligen Werten beruht. So wurden beispielsweise die Urwälder aufgrund ihres heiligen Charakters von den verschiedenen Religionsgemeinschaften unter strengem Abholzungsverbot erhalten. Die Berglandschaften werden von den Shingon-Buddhisten als materialisierte "Mandalas" interpretiert, und die Shugendo-Praktizierenden reproduzieren "Mandalas", indem sie in diesen natürlichen Umgebungen pilgern und ihre asketischen Praktiken durchführen. Für die Pilger stellen die Kii-Berge das Paradies auf Erden dar. Ein weiteres Beispiel ist der heilige Wald von Nachi, der nach dem Gesetz zum Schutz von Kulturgütern als "Naturdenkmal" ausgewiesen ist und vom Shinto-Schrein Kumano Nachi als Teil seiner heiligen Stätte verwaltet wird. Der Nachi-Wasserfall gilt als heilig. Das bedeutet, dass das heilige Wasser nicht berührt oder umgeleitet werden darf.