La réserve indigène Yaigojé Apaporis a été créée en 1998 à la demande des peuples indigènes Tanimuca, Yucana, Letuama, Matapí, Cabayari, Macuna, Barazano et Yujup-Macú. En 2008, lors d'une session extraordinaire des autorités traditionnelles et des capitaines indigènes (ATCI), ces communautés ont décidé par consensus de demander la création d'un parc national chevauchant les limites de la réserve. Cette demande se fonde sur le fait que cela permettrait d'éviter le développement d'opérations minières et d'autres exploitations de ressources naturelles susceptibles de mettre en péril la biodiversité, leurs sites sacrés et, par conséquent, leurs coutumes, leur composition sociale et leur contexte environnemental.

La création de la réserve indigène et du parc national naturel Yaigojé Apaporis est le fruit d'un long processus de collaboration avec la fondation GAIA Amazonas, qui a bénéficié du soutien technique et financier de la fondation Gordon & Betty Moore. La décision de passer à un régime de gestion spécial (REM) devait bénéficier d'un soutien local total, garantir l'autonomie des communautés indigènes et renforcer leurs systèmes traditionnels. En outre, il était nécessaire qu'elles aient des compétences en matière de négociation et de coordination pour établir un accord avec l'État.