La Riserva Indigena Yaigojé Apaporis è stata creata nel 1998 su richiesta dei popoli indigeni Tanimuca, Yucana, Letuama, Matapí, Cabayari, Macuna, Barazano e Yujup-Macú. Nel 2008, attraverso il consenso in una sessione straordinaria delle Autorità Tradizionali e dei Capitani Indigeni (ATCI), queste comunità hanno deciso di richiedere la creazione di un Parco Nazionale che si sovrappone ai limiti della Riserva. La richiesta si basava sulla considerazione che ciò avrebbe eliminato lo sviluppo di operazioni minerarie e lo sfruttamento di altre risorse naturali che avrebbero potuto mettere in pericolo la biodiversità, i loro luoghi sacri e, di conseguenza, i loro costumi, la composizione sociale e il contesto ambientale.

La creazione della Riserva Indigena Yaigojé Apaporis e del Parco Nazionale Naturale ha avuto un lungo processo di collaborazione con la Fondazione GAIA Amazonas, che ha avuto il supporto tecnico e finanziario della Gordon & Betty Moore Foundation. La decisione di passare a un regime di gestione speciale (REM) doveva avere il pieno sostegno locale, garantire l'autonomia delle comunità indigene e rafforzare i loro sistemi tradizionali. Inoltre, era necessario che le comunità avessero capacità di negoziazione e di coordinamento per stabilire un accordo con lo Stato.