雅伊戈杰-阿帕波利斯土著保护区是 1998 年应土著塔尼努卡人、尤卡纳人、莱图亚马人、马塔皮人、卡巴亚里人、马库纳人、巴拉扎诺人和尤尤普-马库人的要求建立的。2008 年，这些社区在传统当局和土著船长特别会议（ATCI）上达成共识，决定请求在保护区范围内建立一个国家公园。这一要求是基于这样一种考虑，即这样做可以杜绝采矿作业和其他自然资源的开发，因为这些作业和开发可能会危及生物多样性和他们的圣地，进而危及他们的习俗、社会构成和环境。

Yaigojé Apaporis 土著保护区和国家自然公园的建立经历了与 GAIA 亚马逊基金会合作的漫长过程，该基金会得到了戈登和贝蒂-摩尔基金会的技术和资金支持。转入特别管理制度（REM）的决定需要得到当地的全力支持，确保土著社区的自治，并加强他们的传统制度。此外，他们还必须具备谈判和协调技能，以便与国家达成协议。