ヤイゴジェ・アパポリス先住民保護区は、先住民であるタニムカ、ユカナ、レトゥアマ、マタピ、カバヤリ、マクナ、バラザノ、ユジュプ・マクーの要請により1998年に設立された。2008年、伝統的自治体および先住民隊長（ATCI）の臨時会議での合意により、これらのコミュニティは、保護区の範囲に重なる国立公園の設立を要請することを決定した。この要求は、生物多様性、彼らの聖地、そして結果として彼らの習慣、社会構成、環境的背景を危険にさらす可能性のある採鉱事業やその他の天然資源開発の開発を排除することを考慮したものであった。

ヤイゴジェ・アパポリス先住民保護区と自然国立公園の設立には、ゴードン＆ベティ・ムーア財団の技術的・財政的支援を受けたGAIAアマゾナス財団との長い協力関係がある。特別管理体制（REM）への移行を決定するには、地元の全面的な支持を得、先住民コミュニティの自治を確保し、彼らの伝統的なシステムを強化する必要があった。さらに、国との協定を確立するための交渉・調整能力も必要であった。