أُنشئت محمية يايغوجيه أبابوريس للسكان الأصليين في عام 1998 بناءً على طلب من شعوب تانيموكا ويوكانا وليتاما وماتابي وكاباياري وماكونا وبارازانو ويوجوب-ماكو الأصلية. في عام 2008، ومن خلال توافق في الآراء في جلسة استثنائية للسلطات التقليدية ونقباء الشعوب الأصلية، قررت هذه المجتمعات المحلية في عام 2008 طلب إنشاء حديقة وطنية تتداخل مع حدود المحمية. وقد استند الطلب إلى اعتبار أن ذلك من شأنه أن يقضي على تطوير عمليات التعدين وغيرها من عمليات استغلال الموارد الطبيعية التي قد تعرض التنوع البيولوجي ومواقعهم المقدسة للخطر، وبالتالي عاداتهم وتكوينهم الاجتماعي والبيئي.

وقد استغرق إنشاء محمية يايغوجي أبابوريس للسكان الأصليين والمتنزه الوطني الطبيعي عملية طويلة من العمل مع مؤسسة غايا أمازوناس، التي حظيت بدعم تقني ومالي من مؤسسة غوردون وبيتي مور. وكان قرار الانتقال إلى نظام الإدارة الخاصة بحاجة إلى الحصول على الدعم المحلي الكامل، وضمان الاستقلالية الذاتية لمجتمعات السكان الأصليين، وتعزيز أنظمتهم التقليدية. وبالإضافة إلى ذلك، كان من الضروري أن يتمتعوا بمهارات التفاوض والتنسيق لإبرام اتفاق مع الدولة.