拡張2.0とあるように、JECAMI 2.0はJECAMI 1.0を発展させたものである。前バージョンでは、生態学的連結性の適合性に焦点をあてていましたが、JECAMI 2.0では、具体的な対策の有用性を高めるために、「戦略的アルパイン連結性エリア（SACA）1～3」という新しい概念を導入しました。

3種類のSACAを以下のように定義した：

SACA1：生態学的連結性がすでに十分に機能している生態系保全地域（CSI≥8）。これらの地域では、生態学的連結性が保全されるべきである。
SACA2：SACA1（生態系保全地域）間の重要なつながりを示す生態系介入地域。連結性は現在ある程度機能しているが、強化の恩恵を受けるだろう。これらの地域では、改善／回復測定が必要である。

SACA3：SACA1（生態系保全地域）間の重要な障壁となっている連結性回復地域。