Entre 2003 y 2010 se pusieron en marcha varios programas piloto de apoyo a la agricultura ecológica, como la implantación de bioaldeas en las que se formaba a los agricultores en prácticas de agricultura ecológica y en la producción de insumos orgánicos como el compostaje, los fertilizantes orgánicos y los pesticidas orgánicos utilizando plantas locales y orina de vaca. Durante este periodo, el gobierno también invirtió sustancialmente en la construcción de fosas de vermicompostaje. En 2009, más de 100 pueblos se habían beneficiado de estos programas, que llegaron a 10.000 agricultores de los cuatro distritos del estado.

En el marco de la Misión Orgánica de Sikkim, puesta en marcha en 2010, se llevaron a cabo una serie de acciones adicionales de apoyo a la agricultura orgánica, como el desarrollo de capacidades, la producción de semillas y material de siembra orgánicos, la creación de un laboratorio de análisis de semillas y suelos, el funcionamiento de un punto de venta de Sikkim Organic en Nueva Delhi, la inclusión de la agricultura orgánica en los planes de estudio escolares, la conversión de las dos granjas del gobierno estatal en Nazitam y Mellidara, que se convirtieron en Centros Orgánicos de Excelencia para llevar a cabo demostraciones y ensayos de agricultura orgánica, y la puesta en marcha de tres escuelas de subsistencia como centros de formación para jóvenes desempleados.