Tra il 2003 e il 2010 sono stati avviati diversi programmi pilota a sostegno dell'agricoltura biologica, tra cui l'implementazione di biovillaggi in cui gli agricoltori sono stati formati alle pratiche di agricoltura biologica e alla produzione di input organici come il compostaggio, i fertilizzanti organici e i pesticidi organici utilizzando piante locali e urina di mucca. Durante questo periodo, il governo ha anche investito in modo sostanziale nella costruzione di fosse di vermicomposting. Nel 2009, più di 100 villaggi avevano beneficiato di questi programmi, raggiungendo 10.000 agricoltori in tutti e quattro i distretti dello Stato.

Nell'ambito della Sikkim Organic Mission, lanciata nel 2010, sono state attuate una serie di azioni aggiuntive a sostegno dell'agricoltura biologica, tra cui il rafforzamento delle capacità, la produzione di sementi e materiale di piantagione biologici, la creazione di un laboratorio per l'analisi delle sementi e del suolo, la gestione del punto vendita Sikkim Organic a Nuova Delhi, l'inclusione dell'agricoltura biologica nei programmi scolastici, la conversione delle due aziende agricole statali di Nazitam e Mellidara, che sono diventate Centri biologici di eccellenza per la conduzione di dimostrazioni e prove di agricoltura biologica, e il lancio di tre scuole di sostentamento come centri di formazione per giovani disoccupati.